Mã HS thuốc tân dược và các loại thuế khi nhập khẩu
Mã HS thuốc tân dược và các loại thuế khi nhập khẩu là một trong những yếu tố quan trọng cần được doanh nghiệp dược phẩm nắm vững khi tham gia hoạt động xuất nhập khẩu. Thuốc tân dược thuộc nhóm hàng hóa đặc thù, liên quan đến sức khỏe cộng đồng nên được quản lý chặt chẽ về mã HS, điều kiện nhập khẩu và chính sách thuế. Việc xác định đúng mã HS không chỉ giúp doanh nghiệp khai báo hải quan chính xác mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến mức thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng (VAT) và các loại phí liên quan. Bài viết này sẽ cung cấp cái nhìn tổng quan và chi tiết về cách tra mã HS thuốc tân dược, các mức thuế phổ biến hiện hành và lưu ý pháp lý cần biết khi nhập khẩu nhóm hàng hóa đặc biệt này.

Tổng quan về mã HS thuốc tân dược
Mã HS là gì? Tại sao mã HS đóng vai trò sống còn trong nhập khẩu dược phẩm?
Mã HS (Harmonized System Code) không đơn thuần chỉ là “một dãy số” trên tờ khai hải quan. Nó chính là “chìa khóa định danh quốc tế” cho mỗi mặt hàng nhập khẩu – bao gồm cả thuốc tân dược. Mỗi mã HS được mã hóa theo cấu trúc toàn cầu gồm 6 chữ số cơ bản (WCO) và từ 2–4 chữ số mở rộng tùy theo từng quốc gia.
Trong lĩnh vực dược phẩm, việc xác định đúng mã HS thuốc tân dược mang ý nghĩa đặc biệt quan trọng bởi vì:
✅ Xác định chính xác nghĩa vụ thuế quan: Mỗi mã HS sẽ đi kèm một biểu thuế tương ứng (thuế nhập khẩu, VAT, thuế tiêu thụ đặc biệt nếu có). Sai một số, thiệt hàng trăm triệu.
✅ Liên quan đến yêu cầu kiểm tra chuyên ngành: Với dược phẩm, bạn không chỉ làm việc với hải quan mà còn với Bộ Y Tế, Cục Quản lý Dược, Viện Kiểm nghiệm. Mã HS xác định rõ quy trình cần kiểm tra những gì.
✅ Tránh các rủi ro pháp lý nghiêm trọng: Sai mã HS không chỉ bị truy thu thuế mà còn có thể bị xử phạt hành chính hoặc buộc tái xuất nếu vi phạm nghiêm trọng (theo Nghị định 128/2020/NĐ-CP).
Ví dụ thực tế: Một lô thuốc chứa hoạt chất kháng viêm không steroid (NSAIDs) như ibuprofen nhập khẩu nếu ghi sai mã HS sang nhóm thực phẩm bổ sung có thể dẫn đến việc bị từ chối tiếp nhận kiểm nghiệm bởi Viện Kiểm nghiệm Trung ương, ảnh hưởng toàn bộ tiến độ lưu hành sản phẩm.
Cơ sở pháp lý phân loại mã HS thuốc tân dược theo hệ thống nào?
Việc áp mã HS cho thuốc không phải “muốn ghi gì thì ghi”. Nó phải căn cứ theo:
Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu Việt Nam (2022) – Căn cứ pháp lý quan trọng nhất do Bộ Tài chính ban hành.
Nghị định 98/2021/NĐ-CP và các hướng dẫn về thiết bị – dược phẩm – kiểm tra chuyên ngành.
Hoặc nhấc máy lên, Gọi ngay cho chúng tôi: 0939 456 569 - 0936 146 055 (zalo).
Thông tư 14/2015/TT-BTC: Hướng dẫn phân loại hàng hóa, phân nhóm HS theo tính chất – cấu tạo – công dụng.
Công văn hướng dẫn của Tổng cục Hải quan như:
CV 6970/TCHQ-TXNK (phân loại sản phẩm có chứa paracetamol)
CV 2890/TCHQ-TXNK (về thuốc tiêm chứa cephalosporin)
Đặc biệt, nếu doanh nghiệp không chắc chắn về mã HS, có thể gửi văn bản yêu cầu phân loại trước (advance ruling) đến Tổng cục Hải quan để được hướng dẫn chính thức – đây là bước an toàn và tiết kiệm chi phí nhất.
Phân biệt rõ ràng mã HS thuốc tân dược và thuốc Đông y – tránh sai sót đáng tiếc
Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp đã bị đình trệ thông quan chỉ vì nhầm lẫn giữa hai loại:
Tiêu chí Thuốc tân dược Thuốc Đông y, cổ truyền
Bản chất Hóa dược, tổng hợp nhân tạo Từ dược liệu thiên nhiên
Mã HS phổ biến 3004.90.99, 3004.20.90, 3004.90.29 3003.90.29, 3003.90.10
Cơ quan kiểm tra chuyên ngành Bộ Y tế – Cục Quản lý Dược, Viện Kiểm nghiệm Viện Dược liệu, kiểm nghiệm thực vật
Thủ tục công bố Yêu cầu giấy phép nhập khẩu thuốc (đặc biệt với thuốc có kê đơn, kháng sinh, thuốc tiêm) Có thể công bố chất lượng qua Cục ATTP hoặc Sở Y tế tùy loại
Ví dụ thực tế sai sót: Một doanh nghiệp nhập khẩu viên nang cao đinh lăng dạng thực phẩm chức năng nhưng lại khai vào mã HS thuốc tân dược → dẫn đến bị yêu cầu kiểm nghiệm dược thay vì kiểm nghiệm thực phẩm – gây chậm thông quan đến 21 ngày.
💡 Lời khuyên:
Với sản phẩm chứa hoạt chất hóa học có chỉ định điều trị cụ thể, hãy phân loại theo nhóm 3004.xxxx.
Với sản phẩm có nguồn gốc từ cao, dịch chiết, bột dược liệu, nên phân loại theo nhóm 3003.xxxx và xem xét việc công bố dưới dạng thực phẩm chức năng nếu phù hợp.
Danh sách mã HS thuốc tân dược thông dụng
Trong hoạt động xuất nhập khẩu dược phẩm, việc xác định đúng mã HS (Harmonized System) cho thuốc tân dược là yếu tố quyết định đến mức thuế nhập khẩu, thủ tục hải quan, và kiểm tra chuyên ngành. Đặc biệt, các sản phẩm như kháng sinh, thuốc điều trị mãn tính, hoặc vắc-xin, sinh phẩm y tế thường được liệt kê vào nhóm hàng hóa cần quản lý chặt chẽ.
Dưới đây là danh sách các mã HS thuốc tân dược thông dụng nhất theo nhóm dược chất, công dụng, đã được cập nhật theo biểu thuế ưu đãi nhập khẩu hiện hành tại Việt Nam:
Mã HS thuốc kháng sinh (Penicillin, Amoxicillin, Ceftriaxone…)
Thuốc kháng sinh là nhóm dược phẩm có tần suất nhập khẩu cao, chủ yếu từ Ấn Độ, EU, Hàn Quốc và Trung Quốc. Mã HS của thuốc kháng sinh thường dựa vào thành phần hoạt chất và hình thức đóng gói:
Penicillin, muối và dẫn xuất:
Mã HS: 2941.10.00 – Penicillin nguyên liệu thô.
Mã HS: 3003.10.00 – Dạng thuốc kháng sinh chứa penicillin chưa đóng gói bán lẻ.
Mã HS: 3004.10.00 – Dạng thuốc đóng gói bán lẻ chứa penicillin.
Amoxicillin, Ampicillin, Cephalosporin, Fluoroquinolone…:
Mã HS: 2941.90.00 – Các hợp chất kháng sinh khác.
Mã HS: 3003.20.00 – Chế phẩm kháng sinh khác (dạng thô).
Mã HS: 3004.20.00 – Thuốc kháng sinh đã đóng gói bán lẻ (viên nén, tiêm, hỗn dịch…).
📝 Lưu ý quan trọng: Khi khai báo cần xác định rõ:
Thuốc có chứa kháng sinh hay không?
Có phải là dạng thành phẩm hay nguyên liệu?
Dùng cho người hay thú y?
Mã HS thuốc điều trị ung thư, tim mạch, tiểu đường
Đây là nhóm thuốc có giá trị cao, nằm trong danh mục thuốc biệt dược và thường có chính sách miễn/giảm thuế hoặc kiểm soát nghiêm ngặt:
Thuốc điều trị ung thư (Imatinib, Docetaxel, Capecitabine, Trastuzumab…):
Mã HS: 3004.90.39 – Dùng cho các dược chất chống ung thư không chứa hormon, không kháng sinh.
Mã HS: 3004.90.90 – Các loại thuốc khác đã đóng gói, không phân nhóm cụ thể.
Thuốc điều trị tim mạch (Bisoprolol, Amlodipine, Losartan…):
Mã HS: 3004.90.39 – Thường áp dụng cho thuốc điều trị huyết áp, tim mạch không thuộc kháng sinh.
Thuốc tiểu đường (Metformin, Gliclazide, Glimepiride…):
Mã HS: 3004.90.90 – Các thuốc uống điều trị tiểu đường dạng viên.
Insulin dạng tiêm (ống, bút tiêm):
Mã HS: 3004.31.00 – Chứa insulin đã đóng gói, dùng cho người.
⚠️ Đối với thuốc đặc trị có hoạt chất chưa phổ biến, nên kiểm tra kỹ biểu thuế và hỏi ý kiến hải quan.
Mã HS thuốc vắc-xin, huyết thanh, sinh phẩm y tế
Đây là nhóm sản phẩm y tế sinh học có yêu cầu kiểm tra VSATTP nghiêm ngặt, đồng thời thường thuộc diện miễn thuế hoặc chịu thuế suất ưu đãi 0–5% nếu phục vụ mục đích nhân đạo, cộng đồng:
Vắc-xin phòng bệnh cho người (HPV, COVID-19, cúm, viêm gan B…):
Mã HS: 3002.20.00 – Vắc-xin dạng đơn liều hoặc đa liều.
Huyết thanh miễn dịch – antiserum (ví dụ: SAT):
Mã HS: 3002.10.00 – Các chế phẩm miễn dịch từ máu.
Sinh phẩm dùng xét nghiệm, chẩn đoán nhanh (test nhanh, PCR kit…):
Mã HS: 3002.90.00 – Sinh phẩm chưa được phân loại cụ thể.
Chế phẩm y sinh không phải thuốc nhưng dùng trong điều trị:
Có thể rơi vào mã HS: 3822.00.00 – Dụng cụ xét nghiệm, hỗ trợ phân tích.
💡 Gợi ý thực tế:
Trước khi nhập khẩu lô hàng, doanh nghiệp nên tra cứu mã HS trên Hệ thống mã số HS của Tổng cục Hải quan Việt Nam, đồng thời tham vấn hải quan nơi làm thủ tục để tránh sai mã dẫn đến thuế cao hoặc bị xử phạt.

Cách tra cứu mã HS thuốc tân dược chính xác
Hướng dẫn tra mã HS tại hệ thống của Tổng cục Hải quan
Để xác định chính xác mã HS thuốc tân dược, doanh nghiệp có thể sử dụng công cụ tra cứu trực tuyến trên Cổng thông tin của Tổng cục Hải quan Việt Nam tại địa chỉ: https://www.customs.gov.vn. Đây là hệ thống chính thức cập nhật biểu thuế, chính sách quản lý hàng hóa theo danh mục HS chuẩn quốc tế (HS 2022) kết hợp Biểu thuế Việt Nam.
Các bước thực hiện tra cứu mã HS thuốc:
Truy cập trang web chính thức của Hải quan.
Tìm đến mục “Tra cứu mã HS” hoặc truy cập trực tiếp chuyên mục “Biểu thuế”.
Nhập từ khóa bằng tiếng Việt hoặc tiếng Anh (ví dụ: “thuốc hạ sốt”, “paracetamol”, “pharmaceutical preparations”).
Đọc kỹ phần mô tả sản phẩm trong các mã gợi ý (description) và so sánh với thành phần hoạt chất, dạng bào chế của sản phẩm của bạn.
Lựa chọn mã HS phù hợp với mô tả kỹ thuật, chức năng và dạng trình bày (viên, ống, lọ tiêm, bột pha…).
✅ Ví dụ thực tế:
Thuốc viên paracetamol có thể thuộc mã HS 3004.90.29, trong khi cùng hoạt chất nhưng ở dạng dung dịch tiêm có thể thuộc 3004.90.90 nếu có thêm tá dược đặc biệt.
⛔ Cảnh báo: Không nên sử dụng mã HS dựa trên sản phẩm “na ná” trên mạng. Mỗi thuốc có thể có mã HS riêng tùy vào dạng, chức năng và mức độ kiểm soát.
Lưu ý khi khai báo mã HS trong tờ khai hải quan
Việc khai báo mã HS trong tờ khai nhập khẩu thuốc tân dược không chỉ là bước kỹ thuật mà còn liên quan đến mức thuế, chính sách kiểm tra chuyên ngành, và thủ tục thông quan. Một sai sót nhỏ có thể dẫn đến phạt nặng hoặc đình trệ hàng hóa tại cảng.
Doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý:
Mô tả hàng hóa trong tờ khai phải đồng nhất với nhãn mác, COA, phiếu kiểm nghiệm và chứng từ công bố chất lượng.
Đối với thuốc có nhiều hoạt chất, nên khai theo thành phần chính, dạng bào chế và nhóm dược lý.
Nếu chưa rõ, nên đề nghị phân loại trước tại Cục Hải quan để có quyết định phân loại chính thức, giúp giảm rủi ro sau này.
Mỗi thuốc chỉ nên dùng 1 mã HS nhất quán trong suốt các lô nhập khẩu. Việc thay đổi mã HS giữa các lô có thể gây nghi ngờ và bị hậu kiểm.
Sai mã HS bị xử phạt như thế nào?
Việc khai sai mã HS thuốc tân dược là hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan và được quy định xử phạt cụ thể tại Nghị định 128/2020/NĐ-CP.
Mức phạt áp dụng hiện nay:
Cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 500.000 – 5.000.000 VNĐ: Nếu sai sót không ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế và không làm thay đổi chính sách quản lý.
Phạt từ 5.000.000 – 20.000.000 VNĐ: Nếu sai mã dẫn đến nộp thiếu thuế, sai chính sách kiểm tra (miễn thành có kiểm tra) hoặc khai sai loại hình nhập khẩu.
Truy thu thuế + phạt chậm nộp: Nếu phát hiện sau khi đã thông quan. Mức phạt có thể lên đến hàng trăm triệu nếu sai phạm kéo dài, lặp lại.
Bị đưa vào danh sách kiểm tra trọng điểm: Một số doanh nghiệp sai mã HS nhiều lần có thể bị áp dụng kiểm tra 100% lô hàng sau này.
🔎 Kinh nghiệm thực tế: Nên chủ động đối chiếu với quyết định phân loại HS của các doanh nghiệp tương tự (có thể tra cứu công khai tại trang Hải quan) để tham khảo, đồng thời lưu trữ hồ sơ kỹ thuật đầy đủ để giải trình khi cần.
Các loại thuế khi nhập khẩu thuốc tân dược
Việc nhập khẩu thuốc tân dược không chỉ liên quan đến các quy trình chuyên ngành y tế mà còn đi kèm hàng loạt nghĩa vụ tài chính. Ba loại thuế phổ biến nhất mà doanh nghiệp phải quan tâm gồm: thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng (VAT) và thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB). Dưới đây là phân tích sâu từng loại thuế trong bối cảnh pháp lý cập nhật năm 2025:
Thuế nhập khẩu – Phân biệt mức thuế MFN và thuế ưu đãi theo FTA
Thuế nhập khẩu là “rào cản tài chính đầu tiên” mà mọi doanh nghiệp nhập khẩu thuốc tân dược phải vượt qua. Mức thuế được xác định căn cứ vào mã HS code và nguồn gốc xuất xứ hàng hóa.
Mức thuế MFN (Most Favoured Nation): Đây là mức thuế ưu đãi cơ bản mà Việt Nam áp dụng cho các quốc gia thành viên WTO. Đối với phần lớn thuốc tân dược, thuế suất MFN dao động từ 0% đến 5%, tùy theo dạng bào chế, mục đích sử dụng (thuốc trị bệnh, nguyên liệu, bán thành phẩm…).
Mức thuế ưu đãi đặc biệt theo FTA: Nếu doanh nghiệp nhập thuốc từ quốc gia ký FTA song phương hoặc đa phương với Việt Nam (ví dụ: Hàn Quốc, Nhật Bản, EU, ASEAN…), thuế nhập khẩu có thể được giảm còn 0%. Tuy nhiên, để được miễn thuế này, doanh nghiệp bắt buộc phải cung cấp giấy chứng nhận xuất xứ (C/O form D, E, AK, AJ…) hợp lệ.
Lưu ý chuyên sâu:
Một số thuốc đặc trị có thể có mã HS riêng, không nằm trong nhóm 3003 hoặc 3004 (thuốc thành phẩm), mà thuộc nhóm 2933 hoặc 2924 (nguyên liệu hoạt chất). Việc xác định sai mã sẽ dẫn đến áp thuế sai, bị truy thu và phạt.
Thuế giá trị gia tăng (VAT) – Không phải thuốc nào cũng chỉ 5%
VAT là loại thuế gián thu phổ biến nhất trong nhập khẩu. Tuy phần lớn thuốc tân dược được áp dụng mức VAT 5% theo Luật Thuế GTGT và Thông tư 26/2015/TT-BTC, nhưng trên thực tế có sự phân tầng:
Thuốc chữa bệnh thành phẩm (có giấy lưu hành): áp dụng thuế suất 5%.
Nguyên liệu sản xuất thuốc: có thể bị áp 10% VAT nếu không nằm trong danh mục ưu đãi của Bộ Tài chính.
Thuốc dạng mẫu, không lưu hành thương mại: có thể áp 0% hoặc miễn thuế tùy mục đích nhập khẩu.
Cách tính VAT khi nhập khẩu thuốc:
Thuế VAT = (Giá CIF + Thuế nhập khẩu) × Mức thuế suất VAT
Ví dụ thực tế:
Một lô thuốc trị giá 100 triệu VNĐ (CIF), chịu thuế nhập khẩu 5% và VAT 5%. Khi đó:
Thuế nhập khẩu = 5 triệu
VAT = (100 + 5) × 5% = 5,25 triệu
→ Tổng thuế phải nộp = 10,25 triệu đồng
Thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB) – Không áp dụng nhưng cần lưu ý
Hiện tại, theo Luật Thuế TTĐB, thuốc tân dược không nằm trong danh mục chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, kể cả thuốc điều trị ung thư, thuốc hướng tâm thần, kháng sinh tiêm… Tuy nhiên, doanh nghiệp cần cảnh giác với một số rủi ro sau:
Không phải thuốc TTĐB, nhưng vẫn chịu quản lý đặc biệt: Ví dụ, thuốc gây nghiện, thuốc gây ức chế thần kinh có thể không bị đánh thuế TTĐB, nhưng vẫn bắt buộc phải xin giấy phép nhập khẩu riêng từ Bộ Y tế và bị kiểm tra gắt gao trong thông quan.
Trường hợp doanh nghiệp nhập nhầm danh mục bị kiểm soát (thuốc thú y có chất cấm, thực phẩm chức năng “ngụy trang” thành thuốc…) thì vẫn bị xử phạt hành chính hoặc tiêu hủy.
Tóm lại:
Không có thuốc tân dược nào hiện nay bị áp thuế TTĐB.
Nhưng bắt buộc phải kiểm tra kỹ mục đích sử dụng và bản chất sản phẩm trước khi nhập khẩu.
Chính sách miễn thuế, ưu đãi thuế khi nhập khẩu thuốc
Miễn thuế cho thuốc nhập khẩu viện trợ, đấu thầu
Theo Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, các loại thuốc nhập khẩu theo diện viện trợ không hoàn lại hoặc đấu thầu công lập được miễn thuế hoàn toàn nhằm đảm bảo quyền tiếp cận thuốc thiết yếu cho người dân và tối ưu ngân sách nhà nước. Cụ thể:
Thuốc viện trợ nhân đạo, không hoàn lại do chính phủ nước ngoài, các tổ chức quốc tế (WHO, UNICEF, GAVI…) cung cấp. Điều kiện kèm theo là phải có quyết định tiếp nhận viện trợ của Bộ Y tế hoặc UBND cấp tỉnh.
Thuốc nhập khẩu từ kết quả đấu thầu thuốc tại các bệnh viện công lập, thuộc danh mục thuốc trúng thầu tập trung cấp quốc gia hoặc cấp địa phương.
Thuốc sử dụng cho chương trình mục tiêu quốc gia, dự án y tế cộng đồng hoặc khẩn cấp như dịch bệnh, thiên tai, cũng thuộc diện được miễn thuế nếu có xác nhận của cơ quan có thẩm quyền.
Việc miễn thuế không tự động mà cần thực hiện hồ sơ đề nghị miễn, kèm chứng từ chứng minh thuộc đối tượng ưu đãi.
Ưu đãi thuế theo các Hiệp định thương mại FTA
Việt Nam đã ký kết hơn 15 FTA song phương và đa phương như EVFTA (EU – Việt Nam), UKVFTA, CPTPP, RCEP, ASEAN – Trung Quốc… tạo điều kiện cho nhiều loại thuốc nhập khẩu từ các nước thành viên được hưởng mức thuế nhập khẩu 0% hoặc thấp hơn đáng kể so với MFN (thuế suất ưu đãi thông thường).
Điều kiện để thuốc được hưởng ưu đãi thuế từ FTA:
Có C/O (Certificate of Origin) hợp lệ, đúng mẫu quy định từng hiệp định: Form E (ASEAN – Trung Quốc), Form D (ASEAN nội khối), EUR.1 (EVFTA)…
Thuốc phải được vận chuyển trực tiếp từ nước thành viên, không quá cảnh không lý do chính đáng.
Thuốc thuộc Danh mục biểu cam kết cắt giảm thuế quan, được ban hành theo từng hiệp định và cập nhật định kỳ bởi Bộ Tài chính.
Doanh nghiệp nên chủ động xác định đúng mã HS code và đối chiếu với biểu thuế FTA tại thời điểm nhập khẩu, tránh tình trạng áp sai mã gây thiệt hại thuế hoặc bị phạt truy thu.
Hồ sơ xin miễn hoặc giảm thuế nhập khẩu thuốc
Để được hưởng ưu đãi hoặc miễn thuế nhập khẩu thuốc, doanh nghiệp cần nộp hồ sơ đầy đủ đến Chi cục Hải quan cửa khẩu kèm văn bản đề nghị rõ ràng. Bộ hồ sơ gồm:
Văn bản đề nghị miễn/ưu đãi thuế (theo mẫu hoặc tự soạn), nêu rõ cơ sở pháp lý, mục đích sử dụng thuốc.
Giấy phép nhập khẩu thuốc (với thuốc chưa đăng ký) hoặc giấy tiếp nhận công bố lưu hành.
Hợp đồng ngoại thương, hóa đơn thương mại, vận đơn, phiếu đóng gói.
C/O bản gốc nếu xin ưu đãi theo FTA, kèm bản dịch (nếu cần).
Quyết định tiếp nhận viện trợ hoặc xác nhận đấu thầu trúng thầu, được cấp bởi Bộ Y tế hoặc cơ quan chủ quản.
Các tài liệu bổ sung như bản sao quyết định trúng thầu, công văn phân bổ, phiếu kiểm tra chất lượng (nếu có yêu cầu).
Hồ sơ càng chi tiết, minh bạch, quá trình thông quan và xét miễn thuế càng nhanh chóng. Việc hợp tác với đơn vị tư vấn thủ tục hải quan chuyên ngành y tế sẽ giúp tiết kiệm đáng kể thời gian và đảm bảo quyền lợi thuế tối đa.

Hồ sơ và thủ tục hải quan khi nhập khẩu thuốc tân dược
Việc nhập khẩu thuốc tân dược là một trong những quy trình có tính đặc thù cao, kết hợp giữa quy định hải quan thông thường và quản lý chuyên ngành khắt khe của Bộ Y tế. Chỉ cần một sai sót nhỏ trong hồ sơ, một thông tin chưa hợp lệ hoặc thiếu sót về giấy phép là có thể khiến lô hàng bị ách tắc tại cảng, ảnh hưởng nghiêm trọng đến hoạt động kinh doanh và phân phối. Dưới đây là hướng dẫn chi tiết từng bước, giúp bạn chuẩn bị bộ hồ sơ chuẩn chỉnh và tối ưu hóa thời gian thông quan:
Hồ sơ cơ bản: invoice, hợp đồng, packing list, C/O
Đây là nhóm tài liệu nền tảng để mở tờ khai hải quan:
Commercial Invoice (Hóa đơn thương mại): Phải thể hiện chính xác tên thuốc, mã HS, số lô, đơn giá, điều kiện giao hàng (FOB, CIF…). Nên làm rõ thông tin nhà sản xuất để tránh nhầm lẫn trong kiểm tra sau thông quan.
Sale Contract (Hợp đồng mua bán): Nêu rõ điều kiện giao hàng (Incoterms), điều khoản thanh toán và đối tượng giao dịch. Một số Cục Hải quan yêu cầu bản gốc hoặc bản sao có dấu đỏ.
Packing List (Phiếu đóng gói): Bảng kê hàng hóa kèm kích thước, trọng lượng, thể tích từng kiện – đặc biệt quan trọng nếu thuốc thuộc nhóm cần bảo quản đặc biệt.
C/O (Giấy chứng nhận xuất xứ): Tùy thị trường (Hàn Quốc, Ấn Độ, EU…) có thể là C/O form E, D, AK, CPTPP… Giúp giảm thuế nhập khẩu hoặc chứng minh nguồn gốc rõ ràng với Bộ Y tế.
📝 Gợi ý thực tế: Luôn rà soát sự thống nhất giữa Invoice – C/O – tờ khai về tên hàng, mã HS, đơn vị tính để tránh bị “vướng” kiểm tra sau thông quan.
Giấy phép nhập khẩu thuốc và giấy công bố chất lượng
Đây là điểm bắt buộc và quan trọng nhất đối với bất kỳ lô thuốc tân dược nào:
Giấy phép nhập khẩu thuốc (Import License): Do Cục Quản lý Dược cấp, có thể là theo số đăng ký lưu hành (dạng tự do) hoặc theo từng lô nếu là thuốc chưa có số đăng ký (ví dụ thuốc thử lâm sàng, thuốc viện trợ, thuốc hiếm).
Giấy chứng nhận đăng ký lưu hành hoặc Công bố chất lượng sản phẩm: Dành cho thuốc đã có số đăng ký còn hiệu lực tại Việt Nam.
Tài liệu kèm theo cần được hợp pháp hóa lãnh sự: Bao gồm GMP Certificate, Free Sale Certificate, COA… Tất cả phải được dịch công chứng và đóng dấu xác thực theo quy định của Bộ Ngoại giao và Bộ Y tế.
💡 Kinh nghiệm xử lý: Nên chuẩn bị hồ sơ trước ít nhất 30 ngày làm việc để có đủ thời gian xin giấy phép, hợp pháp hóa tài liệu và xử lý các phát sinh.
Kiểm tra chuyên ngành và lưu ý kiểm tra thực tế
Thuốc tân dược không thể “chỉ cần tờ khai là xong” như các loại hàng hóa thông thường. Đây là nhóm bắt buộc kiểm tra chuyên ngành theo quy định của Bộ Y tế:
Cơ quan kiểm tra chuyên ngành: Viện Kiểm nghiệm thuốc Trung ương, Viện Kiểm nghiệm TP.HCM hoặc đơn vị được chỉ định. Kiểm tra có thể gồm đánh giá hồ sơ hoặc lấy mẫu kiểm nghiệm chất lượng thực tế.
Phân loại kiểm tra:
▪️ Miễn kiểm: Áp dụng cho thuốc đã nhập thường xuyên, có lịch sử tuân thủ tốt
▪️ Kiểm hồ sơ: Xem xét giấy tờ chứng minh chất lượng, xuất xứ
▪️ Kiểm thực tế: Lấy mẫu tại cảng, test nhanh hoặc gửi kiểm nghiệm
📦 Lưu ý kiểm tra tại kho CFS/cảng:
Bao bì, nhãn gốc và nhãn phụ phải đầy đủ thông tin tiếng Việt.
Điều kiện bảo quản tại nơi lưu kho phải đúng yêu cầu ghi trên nhãn thuốc (ví dụ: 2–8°C hoặc ≤25°C).
Cần có nhân sự đại diện đơn vị nhập khẩu phối hợp quá trình kiểm tra, đặc biệt khi lấy mẫu.
✅ Tóm lược chuyên sâu:
✅ Hồ sơ hải quan phải đầy đủ và thống nhất từng chi tiết nhỏ.
✅ Giấy phép nhập khẩu là điểm mấu chốt – không có, không thể thông quan.
✅ Kiểm tra chuyên ngành không đơn giản – cần kinh nghiệm phối hợp với cơ quan chức năng.
👉 Nếu bạn mới lần đầu nhập khẩu thuốc tân dược, nên sử dụng dịch vụ tư vấn chuyên nghiệp để tránh phát sinh chi phí do sai sót không đáng có, và đảm bảo hàng hóa được thông quan đúng tiến độ.
Những rủi ro thường gặp và cách phòng tránh
Quá trình khai báo mã HS và chuẩn bị hồ sơ nhập khẩu luôn là “điểm nóng” khiến nhiều doanh nghiệp chịu tổn thất tài chính, thậm chí vướng rắc rối pháp lý nếu không tuân thủ nghiêm ngặt quy định hiện hành. Dưới đây là 3 rủi ro thường gặp và giải pháp thực tiễn đã được chứng minh hiệu quả:
Khai sai mã HS dẫn đến áp sai thuế, truy thu và xử phạt
Một trong những lỗi nghiêm trọng nhất là khai báo mã HS không đúng bản chất hàng hóa. Điều này có thể khiến doanh nghiệp bị áp thuế nhập khẩu, thuế VAT cao hơn quy định, bị truy thu thuế lên đến hàng trăm triệu đồng hoặc bị phạt hành chính lên tới 20% số thuế khai thiếu theo Nghị định 128/2020/NĐ-CP.
🔎 Cách phòng tránh hiệu quả:
Tra cứu mã HS theo ba chiều: mô tả kỹ thuật – mục đích sử dụng – tài liệu công bố sản phẩm.
Sử dụng công cụ tra cứu HS từ Tổng cục Hải quan hoặc đối chiếu Biểu thuế MFN mới nhất.
Trường hợp hàng hóa phức tạp, nên thực hiện thủ tục “Xác định trước mã số HS” để được Tổng cục Hải quan trả lời bằng văn bản chính thức.
Hồ sơ giấy phép thiếu hoặc không hợp lệ làm hàng bị giữ tại cảng
Nhiều doanh nghiệp chủ quan, chỉ khai báo tờ khai mà quên rằng sản phẩm thuộc nhóm cần giấy phép chuyên ngành (ví dụ: giấy công bố thiết bị y tế, kiểm nghiệm, hợp đồng ủy quyền…). Hệ quả là lô hàng bị lưu bãi, phát sinh chi phí hàng chục triệu/ngày, thậm chí bị buộc tái xuất nếu không bổ sung được đúng hạn.
📌 Giải pháp:
Rà soát sản phẩm có thuộc Danh mục hàng hóa quản lý chuyên ngành hay không.
Soạn hồ sơ theo Nghị định 69/2018/NĐ-CP (hướng dẫn Luật Quản lý ngoại thương), áp dụng đúng biểu mẫu và ngôn ngữ theo thông tư chuyên ngành.
Mã HS sử dụng theo biểu thuế cũ – lệch nhóm, lệch thuế suất
Một lỗi thường bị bỏ qua là sử dụng mã HS từ biểu thuế lỗi thời (ví dụ áp dụng biểu 2022 thay vì biểu 2024 đang có hiệu lực). Điều này dễ dẫn đến việc bị đánh thuế sai nhóm, ảnh hưởng tới cả báo cáo tài chính và định giá vốn nhập khẩu.
💡 Cách tránh sai lầm này:
Luôn theo dõi cập nhật Biểu thuế mới nhất do Bộ Tài chính ban hành hằng năm.
Đối với các mặt hàng có sự thay đổi nhanh về công nghệ hoặc vật liệu, cần định kỳ rà soát mã HS tương ứng và lưu ý mức thuế suất ưu đãi theo FTA (nếu áp dụng).
Câu hỏi thường gặp về mã HS và thuế nhập khẩu thuốc
Mã HS thuốc có cần đăng ký trước không?
Không bắt buộc doanh nghiệp phải đăng ký mã HS trước khi nhập khẩu thuốc, tuy nhiên trong thực tế, việc phân loại trước mã HS (advance ruling) là khuyến khích – đặc biệt với các lô hàng có giá trị cao, hoạt chất phức tạp hoặc dễ gây nhầm lẫn về nhóm hàng.
Tại sao nên đăng ký trước?
Giúp doanh nghiệp chủ động về thuế suất, hồ sơ và thủ tục kiểm tra chuyên ngành.
Tránh bị phân loại sai, phải làm công văn điều chỉnh, bị truy thu thuế hoặc bị xử phạt.
Khi làm thủ tục phân loại trước, doanh nghiệp sẽ được Tổng cục Hải quan cấp Thông báo phân loại chính thức, có giá trị áp dụng trên toàn quốc cho mặt hàng đó.
📌 Lưu ý: Doanh nghiệp gửi mẫu kèm hồ sơ lên Chi cục Hải quan quản lý hàng nhập khẩu hoặc trực tiếp tới Cục Thuế XNK – Tổng cục Hải quan để yêu cầu xác định trước mã HS.
Tham khảo: Giấy phép kiểm dịch thực vật và động vật – Thủ tục, hồ sơ và tư vấn A-Z
Có thể dùng mã HS của lô hàng cũ không?
Câu trả lời là có thể, nhưng cần thận trọng.
Nếu:
Cùng một loại thuốc, một nhà sản xuất, một công thức, và một mục đích sử dụng, thì doanh nghiệp có thể sử dụng lại mã HS đã từng khai báo cho lô hàng cũ.
Tuy nhiên, cần lưu ý:
Biểu thuế có thể thay đổi hàng năm, nên mã HS tuy giống nhưng thuế suất áp dụng có thể khác.
Hàng hóa thay đổi dạng bào chế (ví dụ: chuyển từ viên nén sang thuốc tiêm) có thể khiến mã HS thay đổi.
Hải quan có quyền yêu cầu bổ sung tài liệu hoặc tái phân loại nếu phát hiện sai lệch hoặc nghi ngờ cố ý khai báo sai.
✅ Khuyến nghị: Doanh nghiệp nên lưu giữ hồ sơ của các lô hàng cũ, bao gồm thông báo kết quả phân loại, tờ khai hải quan, và thông tin kỹ thuật sản phẩm để dễ dàng đối chiếu khi cần.
Trường hợp nào được miễn VAT thuốc nhập khẩu?
Không phải tất cả thuốc nhập khẩu đều chịu VAT. Theo Điều 5, Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 (sửa đổi) và các văn bản hướng dẫn, thuốc nhập khẩu có thể được miễn VAT trong các trường hợp sau:
Thuốc viện trợ, tài trợ phi lợi nhuận cho bệnh viện, tổ chức y tế:
Miễn VAT 100% nếu có chứng từ xác nhận viện trợ, phi lợi nhuận và hợp đồng tiếp nhận viện trợ hợp pháp.
Thuốc nhập khẩu phục vụ nghiên cứu khoa học (được xác nhận bởi cơ quan quản lý):
Cần hồ sơ chứng minh rõ mục đích sử dụng phi thương mại.
Vaccine, sinh phẩm y tế phòng chống dịch:
Một số loại được miễn VAT hoặc áp dụng mức VAT 5% (thay vì 10%) theo danh mục Bộ Y Tế.
📌 Lưu ý quan trọng:
Trường hợp thuốc nhập khẩu theo hợp đồng thương mại thông thường gần như đều phải chịu VAT 5% hoặc 10%, tùy theo loại sản phẩm.
Khi khai báo, doanh nghiệp cần ghi chú cụ thể và chuẩn bị hồ sơ chứng minh mục đích miễn thuế nếu thuộc nhóm được ưu đãi.

Dịch vụ hỗ trợ tra mã HS và kê khai thuế nhập khẩu thuốc tân dược
Việc xác định mã HS và kê khai thuế nhập khẩu chính xác cho thuốc tân dược không chỉ là bước thủ tục mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến chi phí, tiến độ thông quan, và rủi ro pháp lý của doanh nghiệp. Với các nhóm thuốc thuộc diện quản lý chuyên ngành như thuốc kháng sinh, thuốc đặc trị, vắc-xin, nếu khai sai mã HS, doanh nghiệp có thể đối mặt với mức thuế cao hơn, hoặc bị xử phạt hành chính do khai không đúng loại hình hàng hóa.
Trong bối cảnh đó, việc sử dụng dịch vụ hỗ trợ tra mã HS và kê khai thuế hải quan chuyên nghiệp là giải pháp tiết kiệm chi phí và đảm bảo an toàn pháp lý.
Lợi ích khi sử dụng dịch vụ khai báo hải quan chuyên nghiệp
✅ Đảm bảo đúng mã HS theo biểu thuế hiện hành – Tránh sai sót do phân loại nhầm hoặc hiểu sai quy định.
✅ Tối ưu mức thuế suất nhập khẩu – Áp dụng đúng mức ưu đãi theo FTA, MFN, CPTPP nếu đủ điều kiện.
✅ Tư vấn toàn diện về chính sách kiểm tra chuyên ngành – Biết trước lô hàng có cần công bố, kiểm nghiệm hay không.
✅ Tiết kiệm thời gian và nguồn lực nội bộ – Không cần tự nghiên cứu quy định phức tạp.
Gia Minh – Đơn vị tư vấn pháp lý nhập khẩu thuốc uy tín
Với hơn 10 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực xuất nhập khẩu dược phẩm, Gia Minh đã hỗ trợ hàng trăm doanh nghiệp tra mã HS, hoàn thiện hồ sơ hải quan và kê khai thuế đúng quy định cho các loại thuốc như:
Thuốc kê đơn, không kê đơn.
Thuốc biệt dược, thuốc generic.
Vắc-xin, sinh phẩm, thuốc đông dược nhập khẩu.
Gia Minh sở hữu đội ngũ chuyên viên pháp lý – kiểm nghiệm – logistics hiểu rõ cả nghiệp vụ và quy định của Bộ Y tế, Bộ Tài chính và Hải quan.
Cam kết: đúng mã, đúng thuế, đúng thời gian
🔎 Đúng mã HS: Xác minh kỹ hoạt chất, dạng bào chế, đóng gói để phân loại chuẩn xác.
💵 Đúng thuế: Tư vấn áp dụng thuế nhập khẩu, VAT, thuế chống bán phá giá (nếu có).
🕒 Đúng thời gian: Hỗ trợ thông quan nhanh chóng, cam kết không để lô hàng bị “kẹt” do sai sót khai báo.
👉 Nếu bạn đang gặp khó khăn trong việc khai báo thuế nhập khẩu thuốc tân dược hoặc cần xác minh mã HS chính xác, hãy liên hệ Gia Minh để được tư vấn miễn phí và hỗ trợ trọn gói từ A–Z.
Kết luận: Mã HS thuốc tân dược và các loại thuế khi nhập khẩu
Mã HS thuốc tân dược và các loại thuế khi nhập khẩu không chỉ là thủ tục kỹ thuật mà còn là yếu tố sống còn quyết định hiệu quả tài chính và tiến độ thông quan của doanh nghiệp dược. Việc phân loại đúng mã HS giúp xác định chính xác thuế suất nhập khẩu, thuế VAT, cũng như biết được liệu sản phẩm có cần kiểm tra chuyên ngành hay được miễn/ưu đãi thuế theo các FTA. Ngược lại, sai mã có thể kéo theo hàng loạt rủi ro: bị phạt hành chính, truy thu thuế, chậm giao hàng, thậm chí bị kiểm tra hậu kiểm nhiều lần sau này.
Để nhập khẩu thuốc tân dược thuận lợi, doanh nghiệp cần chủ động cập nhật biểu thuế, tra cứu mã HS tại nguồn chính thống và chuẩn bị đầy đủ hồ sơ pháp lý (CFS, GMP, công bố chất lượng, phiếu kiểm nghiệm…). Nếu bạn đang phân vân về cách xác định mã HS thuốc tân dược, tính thuế nhập khẩu theo mặt hàng cụ thể hoặc cần hỗ trợ khai báo, công bố, kiểm nghiệm, hãy liên hệ ngay với Gia Minh – đơn vị tư vấn hải quan và dược phẩm chuyên sâu, giàu kinh nghiệm trong lĩnh vực nhập khẩu dược phẩm vào Việt Nam.
Hiểu rõ mã HS thuốc tân dược và các loại thuế khi nhập khẩu sẽ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro về pháp lý và chi phí phát sinh trong quá trình thông quan. Đặc biệt, với các mặt hàng thuốc cần đăng ký lưu hành, kiểm tra chất lượng và tuân thủ nghiêm ngặt quy định của Bộ Y tế, việc xác định mã HS chuẩn xác càng trở nên quan trọng hơn. Nếu bạn chưa chắc chắn về cách áp mã HS hay mức thuế cụ thể với từng loại thuốc, hãy liên hệ với đơn vị tư vấn uy tín để được hỗ trợ nhanh chóng và hiệu quả nhất, tránh bị xử phạt hoặc chậm trễ trong hoạt động kinh doanh.