Kế toán thuế doanh nghiệp logistics
Kế toán thuế doanh nghiệp logistics đóng vai trò then chốt trong việc đảm bảo tính minh bạch tài chính và tuân thủ pháp luật của các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực giao nhận – vận tải – kho bãi. Do đặc thù phát sinh nhiều loại phí, chi phí quốc tế và các giao dịch xuyên biên giới, doanh nghiệp logistics cần một hệ thống kế toán bài bản và nhân sự am hiểu chuyên sâu. Khi thực hiện đúng quy trình hạch toán và kê khai, doanh nghiệp có thể giảm tối đa rủi ro bị truy thu thuế, sai sót chứng từ và mất cân đối dòng tiền. Tuy nhiên, không ít doanh nghiệp gặp khó khăn khi quản lý chứng từ vận tải, chi phí quốc tế và hóa đơn đầu vào – đầu ra. Việc nắm vững các quy định 2025 sẽ giúp doanh nghiệp vận hành hiệu quả hơn. Đây cũng là chìa khóa để tối ưu chi phí và tăng năng lực cạnh tranh trong ngành logistics đầy biến động.
Tổng quan về kế toán thuế doanh nghiệp logistics
Ngành logistics tại Việt Nam, đặc biệt ở các trung tâm lớn như TPHCM, Bình Dương, Đồng Nai, đang phát triển mạnh với hàng loạt dịch vụ như vận tải hàng hóa, kho bãi, đại lý giao nhận, forwarding quốc tế và fulfillment thương mại điện tử. Cùng với tốc độ tăng trưởng này, yêu cầu về kế toán thuế doanh nghiệp logistics cũng trở nên khắt khe hơn do đặc thù chứng từ phức tạp, chi phí đa dạng và sự tham gia của nhiều bên trong một chuỗi dịch vụ.
Không giống các ngành thương mại – dịch vụ thông thường, doanh nghiệp logistics phát sinh lượng hóa đơn – chứng từ rất lớn: phí vận tải, phí cầu đường, xăng dầu, phí kho bãi, phí hải quan, phụ phí hãng tàu, phí nâng hạ, phí lưu container, phí kiểm dịch, phí hun trùng và hàng loạt loại cước phí đặc thù. Điều này khiến việc theo dõi, phân loại và hạch toán trở nên khó hơn nhiều.
Kế toán thuế trong doanh nghiệp logistics không chỉ cần nắm vững quy định thuế GTGT, thuế TNDN, hóa đơn điện tử mà còn phải hiểu bản chất của từng loại phụ phí logistics, từng tuyến vận tải và từng loại chứng từ để đảm bảo chi phí được ghi nhận hợp lệ. Đồng thời, rủi ro bị truy thu hoặc phạt thuế của doanh nghiệp logistics cũng cao hơn do các khoản chi thường xuyên bị xuất toán nếu không có đủ chứng từ chứng minh.
Đặc thù hoạt động logistics và ảnh hưởng đến công tác kế toán
Hoạt động logistics liên quan đến vận tải, kho bãi và giao nhận nhiều giai đoạn, dẫn đến hệ thống chứng từ đa dạng và phức tạp. Một dịch vụ vận tải hoặc giao nhận có thể chứa đến 8–10 loại chứng từ: vận đơn, phiếu giao hàng (POD), bảng kê lộ trình, hóa đơn kho bãi, hóa đơn phụ phí, hóa đơn xăng dầu, chứng từ cầu đường, nhật ký hành trình, tờ khai hải quan…
Đặc thù này khiến kế toán phải:
– Hạch toán chi phí theo từng chuyến, từng hợp đồng hoặc từng container;
– Đối chiếu chứng từ nhiều lần để đảm bảo khớp dữ liệu;
– Theo dõi doanh thu – chi phí theo tuyến vận tải, theo nhà xe hoặc theo kho;
– Lưu trữ chứng từ chặt chẽ để phục vụ quyết toán thuế.
Hoặc nhấc máy lên, Gọi ngay cho chúng tôi: 0932 785 561 - 0868 458 111 (zalo).
Chỉ cần một chứng từ thiếu hoặc sai, chi phí có thể bị loại khi cơ quan thuế kiểm tra, gây ảnh hưởng đến lợi nhuận và báo cáo tài chính.
Vai trò của kế toán thuế trong doanh nghiệp logistics
Kế toán thuế đóng vai trò trung tâm trong hệ thống tài chính của doanh nghiệp logistics. Các nhiệm vụ chính gồm:
– Kiểm tra tính hợp lệ của chứng từ vận tải – kho bãi;
– Kê khai thuế GTGT theo từng loại hình dịch vụ (vận tải, kho bãi, forwarding…);
– Tính thuế TNDN đúng theo doanh thu và chi phí được trừ;
– Quản lý hóa đơn đầu vào – đầu ra;
– Phân loại chi phí hợp lý để giảm rủi ro khi quyết toán;
– Lập báo cáo tài chính theo đúng chuẩn mực kế toán;
– Theo dõi công nợ khách hàng – nhà cung cấp theo từng hợp đồng vận tải.
Một kế toán thuế giỏi giúp doanh nghiệp logistics tối ưu thuế hợp pháp, minh bạch sổ sách và dự báo dòng tiền hiệu quả, đặc biệt là khi có nhiều hợp đồng vận tải và giao nhận quốc tế.
Những khó khăn phổ biến doanh nghiệp đang gặp
Doanh nghiệp logistics thường gặp 5 nhóm khó khăn chính:
– Thiếu chứng từ hoàn thành dịch vụ như POD, bảng kê vận tải, nhật ký hành trình;
– Chi phí bị xuất toán do hóa đơn xăng dầu, cầu đường không khớp biển số hoặc lộ trình;
– Hóa đơn phụ phí logistics phức tạp, khó xác định chi phí được trừ;
– Doanh thu – chi phí không đối soát kịp thời, dẫn đến sai lệch dữ liệu;
– Thiếu nhân sự kế toán am hiểu logistics, gây sai sót khi kê khai thuế GTGT và TNDN.
Những khó khăn này khiến doanh nghiệp đối mặt với rủi ro truy thu và phạt thuế nếu không có quy trình kiểm soát tốt.
Các sắc thuế áp dụng cho doanh nghiệp logistics
Doanh nghiệp logistics là nhóm ngành có hoạt động đa dạng, bao gồm vận tải, kho bãi, giao nhận, giao nhận quốc tế, đại lý hải quan, vận tải đa phương thức… Vì đa dạng dịch vụ nên các sắc thuế áp dụng cho doanh nghiệp logistics cũng phức tạp hơn so với nhiều ngành nghề khác. Việc nắm rõ từng sắc thuế giúp doanh nghiệp kê khai chính xác, giảm rủi ro bị truy thu, phạt chậm nộp và tối ưu chi phí hợp lệ. Dưới đây là bốn sắc thuế quan trọng nhất mà các doanh nghiệp logistics phải tuân thủ.
Thuế giá trị gia tăng (GTGT) cho dịch vụ logistics
Thuế GTGT là sắc thuế chính và quan trọng nhất đối với doanh nghiệp logistics. Tùy loại hình dịch vụ, mức thuế suất có sự khác biệt:
– 10%: áp dụng cho phần lớn dịch vụ logistics như kho bãi, bốc xếp, vận tải nội địa, giao nhận nội địa, phân phối hàng hóa.
– 0%: áp dụng cho dịch vụ logistics xuất khẩu, giao nhận quốc tế, vận tải quốc tế, đại lý vận tải quốc tế nếu đáp ứng đủ điều kiện về hồ sơ chứng từ (hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán qua ngân hàng…).
– Không chịu thuế GTGT: áp dụng cho một số loại phí hộ khách hàng theo đúng bản chất “thu hộ – chi hộ” (nếu chứng minh đúng theo luật thuế).
Doanh nghiệp logistics cần đặc biệt lưu ý việc phân loại đúng loại hình dịch vụ để áp dụng thuế suất GTGT chính xác. Sai phân loại có thể dẫn đến bị truy thu thuế và phạt chậm nộp.
Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)
Thuế TNDN áp dụng đối với toàn bộ hoạt động logistics của doanh nghiệp, với thuế suất phổ biến là 20% trên lợi nhuận tính thuế. Doanh nghiệp cần lưu ý:
– Chi phí hợp lệ phải có đầy đủ chứng từ, hóa đơn điện tử
– Chi phí xăng dầu, phí cầu đường, vận tải ủy thác phải được hạch toán đúng nhóm chi phí
– Chi phí kho bãi, bốc xếp, phí logistics mua ngoài phải được đối chiếu với hợp đồng
– Khấu hao phương tiện vận tải phải theo đúng khung thời gian của Bộ Tài chính
– Chi phí lương lái xe, nhân sự giao nhận phải có hợp đồng và bảng lương
Doanh nghiệp logistics có rất nhiều chi phí vận hành, vì vậy khả năng bị loại chi phí là khá cao nếu chứng từ không đầy đủ. Việc kiểm soát chi phí ngay trong kỳ sẽ giúp tối ưu thuế TNDN và hạn chế rủi ro khi quyết toán.
Thuế nhà thầu (FCT) cho dịch vụ quốc tế
Thuế nhà thầu (Foreign Contractor Tax – FCT) áp dụng khi doanh nghiệp logistics phát sinh thanh toán cho đối tác nước ngoài, ví dụ:
– Cước vận tải quốc tế mua từ hãng tàu nước ngoài
– Phí phát hành vận đơn (BL) của hãng tàu/airline
– Phí local charges của đối tác ngoại
– Dịch vụ kho bãi hoặc vận tải thuê từ công ty nước ngoài không có pháp nhân tại Việt Nam
Tỷ lệ thuế FCT bao gồm:
– Thuế GTGT nhà thầu: 3% – 5% tùy loại dịch vụ
– Thuế TNDN nhà thầu: 2% – 5% tùy loại dịch vụ
Doanh nghiệp logistics cần xác định đúng loại hình dịch vụ quốc tế và kê khai FCT kịp thời, tránh bị truy thu thuế trong các đợt thanh tra. Đây là sắc thuế rất đặc thù đối với hoạt động giao nhận quốc tế – logistics quốc tế.
Thuế xuất nhập khẩu và lệ phí hải quan
Đối với doanh nghiệp có hoạt động khai thuê hải quan, giao nhận hàng hóa xuất nhập khẩu hoặc làm dịch vụ vận tải quốc tế, các sắc thuế sau sẽ phát sinh:
– Thuế xuất khẩu – thuế nhập khẩu (áp dụng theo từng mã HS cụ thể)
– Thuế tự vệ – thuế chống bán phá giá (nếu có)
– Thuế GTGT khâu nhập khẩu
– Lệ phí hải quan theo từng tờ khai
– Phí CIC, THC, vệ sinh container, phí local charges…
Doanh nghiệp giao nhận không trực tiếp nộp các sắc thuế này (khách hàng nộp), nhưng phải hạch toán chính xác các khoản thu hộ – chi hộ, tránh ghi nhận sai dẫn đến rủi ro thuế GTGT và TNDN.
Hệ thống chứng từ trong doanh nghiệp logistics
Khi thành lập công ty logistics tại TPHCM, doanh nghiệp phải quản lý một hệ thống chứng từ phức tạp, bao gồm chứng từ vận tải, chứng từ kho bãi, chứng từ liên quan đến hành trình container và chứng từ thanh toán quốc tế. Đây là nền tảng để doanh nghiệp thực hiện nghiệp vụ giao nhận, kê khai thuế, làm việc với hãng tàu – chủ hàng và giải quyết tranh chấp nếu phát sinh. Việc quản lý thiếu sót hoặc không đồng bộ chứng từ có thể dẫn đến rủi ro lớn về thuế, chi phí hoặc pháp lý.
Hệ thống chứng từ logistics được chia thành ba nhóm chính: chứng từ vận tải; chứng từ kho bãi và phí container; và chứng từ dịch vụ quốc tế – thanh toán ngoại tệ. Mỗi nhóm đều có chức năng riêng, phục vụ quá trình vận chuyển, lưu kho, thanh toán và đối chiếu dữ liệu.
Chứng từ vận tải: Bill, D/O, manifest…
Đây là nhóm chứng từ quan trọng nhất trong hoạt động logistics:
– Bill of Lading (B/L – Vận đơn): Chứng minh quyền sở hữu hàng hóa và là cơ sở để nhận hàng tại cảng.
– Delivery Order (D/O – Lệnh giao hàng): Do hãng tàu cấp, cho phép lấy hàng tại kho hoặc bãi container.
– Manifest: Bản khai hàng hóa được gửi cho hải quan, thể hiện chi tiết từng lô hàng.
– Booking Note: Xác nhận đặt chỗ với hãng tàu/forwarder.
– EIR – Equipment Interchange Receipt: Biên bản giao nhận container tại cảng.
Nhóm chứng từ này quyết định toàn bộ quy trình vận chuyển, giao nhận và làm thủ tục hải quan. Khi thiếu một chứng từ, doanh nghiệp có thể không nhận được hàng hoặc bị thu thêm chi phí lưu bãi.
Chứng từ kho bãi, phí lưu container – CIC – DEM – DET
Trong hoạt động logistics, kho bãi và container phát sinh nhiều khoản phí quan trọng:
– CIC (Container Imbalance Charge): Phí mất cân đối vỏ container
– DEM (Demurrage): Phí lưu container tại cảng
– DET (Detention): Phí lưu container ngoài cảng
– Storage Fee: Phí lưu bãi
– Lift on/Lift off: Phí nâng hạ container
Doanh nghiệp phải quản lý các chứng từ như: biên lai đóng phí, phiếu tính cước, bảng kê lưu bãi, chứng từ từ cảng hoặc ICD. Những chứng từ này là cơ sở để kiểm soát chi phí kho bãi và tránh phát sinh phí phạt do chậm trễ thông quan hoặc giao nhận.
Việc đối chiếu chính xác CIC – DEM – DET giúp doanh nghiệp không bị tính nhầm số ngày lưu bãi, tránh chênh lệch chi phí khi làm báo cáo.
Chứng từ dịch vụ quốc tế – thanh toán ngoại tệ
Doanh nghiệp logistics quốc tế thường làm việc với hãng tàu nước ngoài, đại lý vận tải quốc tế hoặc nhà cung cấp nước ngoài, dẫn đến việc phát sinh chứng từ ngoại tệ như:
– Invoice quốc tế (USD/JPY/EUR…)
– Debit Note – Credit Note
– Giấy báo nợ/phí từ hãng tàu
– SWIFT, chứng từ ngân hàng khi thanh toán quốc tế
– Hợp đồng ngoại thương (Sales Contract)
Chứng từ ngoại tệ phải được lưu trữ kèm bảng quy đổi tỷ giá theo Ngân hàng Nhà nước tại thời điểm phát sinh. Việc quản lý không đúng tỷ giá hoặc thiếu chứng từ sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến thuế GTGT và thuế TNDN, đặc biệt đối với dịch vụ giao nhận quốc tế hoặc phí từ hãng tàu nước ngoài.
Quy trình kê khai thuế cho doanh nghiệp logistics
Doanh nghiệp logistics – giao nhận – vận tải có đặc thù hoạt động phức tạp, phát sinh nhiều loại chứng từ, chi phí và giao dịch xuyên biên giới. Vì vậy, quy trình kê khai thuế phải tuân thủ chặt chẽ để đảm bảo tính chính xác, minh bạch và tránh rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra. Ba sắc thuế quan trọng nhất doanh nghiệp logistics cần thực hiện định kỳ gồm: thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và thuế nhà thầu (FCT) đối với các giao dịch quốc tế.
Việc thực hiện đúng quy trình kê khai giúp doanh nghiệp nắm rõ nghĩa vụ thuế, tối ưu chi phí hợp lệ, hạn chế sai sót và bảo đảm hoạt động logistics – giao nhận được vận hành đúng quy định pháp luật. Dưới đây là quy trình chi tiết theo từng sắc thuế.
Quy trình kê khai thuế GTGT
Kê khai thuế GTGT là nghiệp vụ quan trọng nhất, bởi doanh nghiệp logistics phát sinh số lượng lớn hóa đơn đầu vào – đầu ra hằng tháng: vận tải, kho bãi, xếp dỡ, cước quốc tế, phí khai hải quan, chi phí thuê kho, thuê xe…
Quy trình kê khai thuế GTGT gồm:
Thu thập và đối chiếu hóa đơn đầu vào – đầu ra của kỳ kê khai.
Kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn: mã số thuế, ngày lập, mô tả hàng hóa – dịch vụ, điều kiện khấu trừ thuế.
Hạch toán doanh thu và chi phí theo từng loại hình logistics (giao nhận, kho bãi, vận tải…).
Lập tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT, xác định số thuế được khấu trừ và số thuế phải nộp.
Nộp tờ khai và nộp thuế theo hạn định (tháng hoặc quý).
Do đặc thù phát sinh nhiều loại chi phí, doanh nghiệp logistics cần kiểm soát chặt hóa đơn nội địa và hóa đơn quốc tế để tránh trường hợp không được khấu trừ thuế GTGT.
Quy trình kê khai thuế TNDN
Thuế TNDN được tính theo kết quả hoạt động kinh doanh trong năm. Quy trình kê khai gồm:
Tổng hợp doanh thu thực tế theo từng hợp đồng giao nhận, vận tải, kho bãi.
Tập hợp chi phí hợp lệ: xăng dầu, cầu đường, lương tài xế, khấu hao xe, chi phí kho, chi phí nước ngoài (nếu có), chi phí đại lý vận tải…
Đối chiếu công nợ – kiểm tra chi phí chưa thanh toán để xác định tính hợp lệ khi tính thuế.
Lập tờ khai tạm tính thuế TNDN quý (nếu có phát sinh).
Lập tờ khai quyết toán thuế TNDN năm, xác định lãi – lỗ và số thuế phải nộp hoặc được khấu trừ chuyển kỳ sau.
Doanh nghiệp logistics cần đặc biệt lưu ý chi phí vận tải thuê ngoài, chi phí quốc tế và chứng từ liên quan để tránh bị loại chi phí khi quyết toán.
Quy trình kê khai thuế nhà thầu
Thuế nhà thầu (FCT) áp dụng khi doanh nghiệp logistics sử dụng dịch vụ từ đối tác nước ngoài như: vận tải quốc tế, cước tàu, phí đại lý nước ngoài, phần mềm quản lý logistics, IT nước ngoài…
Quy trình kê khai gồm:
Xác định giao dịch có thuộc đối tượng nộp thuế nhà thầu hay không.
Tính thuế nhà thầu theo tỷ lệ % trên doanh thu hoặc theo phương pháp khấu trừ – hỗn hợp.
Lập tờ khai thuế nhà thầu mẫu 01/NTNN khi phát sinh từng lần hoặc theo tháng.
Nộp thuế thay cho nhà thầu nước ngoài theo quy định.
Hạch toán chi phí FCT vào giá vốn hoặc chi phí dịch vụ logistics.
Nếu doanh nghiệp không kê khai FCT đúng hạn, rủi ro bị phạt rất cao do thuế nhà thầu được cơ quan thuế kiểm tra kỹ đối với ngành logistics có yếu tố quốc tế.
Hạch toán kế toán trong doanh nghiệp logistics
Trong ngành vận tải – giao nhận – kho bãi, việc hạch toán kế toán có mức độ phức tạp cao hơn nhiều so với ngành thương mại – dịch vụ thông thường. Điều này đến từ đặc thù có quá nhiều loại chi phí, nhiều loại chứng từ, nhiều đối tác và đa dạng các loại hình dịch vụ (vận tải nội địa, vận tải quốc tế, forwarding, kho lạnh, kho TMĐT, phí hãng tàu…).
Doanh nghiệp logistics vừa ghi nhận doanh thu dịch vụ, vừa phải theo dõi các loại chi phí đầu vào như nhiên liệu, phí cầu đường, phụ phí hãng tàu, phí kho bãi, phí kiểm dịch – hun trùng, phí lưu container, cước vận chuyển quốc tế… Đồng thời, hoạt động giao nhận quốc tế còn liên quan đến ngoại tệ, tỷ giá, chi phí ủy thác và hoa hồng đại lý, khiến hạch toán kế toán trong doanh nghiệp logistics cần sự chính xác tuyệt đối.
Dưới đây là 3 nghiệp vụ hạch toán quan trọng mà mọi doanh nghiệp logistics phải nắm rõ:
Hạch toán doanh thu dịch vụ vận tải – kho bãi
Doanh thu của doanh nghiệp logistics thường đến từ 3 nhóm dịch vụ:
Dịch vụ vận tải hàng hóa (đường bộ, đường biển, đường hàng không, đường thủy);
Dịch vụ kho bãi – lưu trữ hàng hóa;
Dịch vụ giao nhận – khai thuê hải quan – forwarding.
Khi hạch toán doanh thu, kế toán phải:
– Ghi nhận doanh thu khi dịch vụ đã hoàn thành, không phải khi thu tiền;
– Đối chiếu với các chứng từ như POD, vận đơn, bảng kê giao nhận, phiếu xuất kho;
– Tách riêng doanh thu chịu thuế GTGT 0%, 8% và 10% (tùy loại dịch vụ);
– Đồng bộ doanh thu với hợp đồng vận tải hoặc hợp đồng giao nhận.
Ví dụ: doanh nghiệp giao nhận quốc tế có phần dịch vụ chịu thuế suất 0% (dịch vụ quốc tế) và phần dịch vụ nội địa chịu 8%/10%, kế toán phải hạch toán tách bạch để tránh sai khi kê khai VAT.
Ngoài ra, doanh thu kho bãi chỉ được ghi nhận khi có đầy đủ: biên bản đối soát ra/vào kho, phiếu lưu kho, hóa đơn kho bãi và chứng từ xác nhận dịch vụ đã hoàn thành.
Hạch toán chi phí đầu vào: cước tàu – phí kho – nhiên liệu
Chi phí doanh nghiệp logistics phát sinh nhiều và liên tục, gồm:
– Cước vận tải thuê ngoài;
– Cước tàu quốc tế: THC, CIC, Cleaning, D/O, Handling…;
– Phí kho bãi nội địa: lưu bãi, nâng hạ, đóng rút hàng;
– Phí kho lạnh;
– Chi phí nhiên liệu – xăng dầu – dầu nhớt;
– Phí cầu đường – phí BOT;
– Phí kiểm dịch, hun trùng, kiểm tra chuyên ngành.
Khi hạch toán chi phí, kế toán cần:
– Kiểm tra hóa đơn hợp lệ: đúng biển số xe, đúng lộ trình, thanh toán qua ngân hàng;
– Phân bổ chi phí theo từng hợp đồng vận tải hoặc từng container;
– Hạch toán đúng khoản chi phí được trừ – không được trừ theo quy định thuế TNDN;
– Kiểm tra đối chiếu chứng từ thực tế: POD, bảng kê vận tải, nhật ký hành trình;
– Ghi nhận chi phí theo từng tuyến vận tải để xác định đúng lợi nhuận.
Nếu doanh nghiệp thiếu một trong các chứng từ (POD, bảng kê, hợp đồng), chi phí dễ bị xuất toán toàn bộ khi quyết toán thuế.
Hạch toán chênh lệch tỷ giá ngoại tệ
Doanh nghiệp giao nhận quốc tế thường thanh toán cho hãng tàu, airline, đại lý nước ngoài và đối tác quốc tế bằng USD hoặc các ngoại tệ khác. Do đó, hạch toán chênh lệch tỷ giá ngoại tệ là nghiệp vụ bắt buộc.
Các nguyên tắc chính:
– Khi phát sinh giao dịch bằng ngoại tệ, phải quy đổi theo tỷ giá liên ngân hàng hoặc tỷ giá mua bán của ngân hàng doanh nghiệp sử dụng;
– Chênh lệch giữa tỷ giá ghi sổ và tỷ giá thanh toán được ghi nhận vào chi phí tài chính hoặc doanh thu tài chính;
– Cuối kỳ phải đánh giá lại các khoản mục tiền tệ có gốc ngoại tệ: công nợ phải thu, phải trả bằng USD;
– Hạch toán riêng phần chênh lệch tỷ giá do thanh toán (realized) và chênh lệch tỷ giá do đánh giá lại cuối kỳ (unrealized).
Nếu hạch toán sai tỷ giá, doanh nghiệp có thể bị lệch doanh thu – chi phí, dẫn đến kê khai sai thuế TNDN và bị truy thu.
Bài toán công nợ trong doanh nghiệp logistics
Trong doanh nghiệp logistics, quản lý công nợ là một trong những bài toán phức tạp nhất bởi lượng giao dịch lớn, liên quan đến hãng tàu, đại lý vận tải, đối tác nước ngoài và hàng trăm khách hàng khác nhau. Nếu không kiểm soát chặt chẽ, doanh nghiệp rất dễ bị chiếm dụng vốn, thiếu dòng tiền hoặc sai lệch số liệu công nợ dẫn đến rủi ro nghiêm trọng khi quyết toán thuế. Việc quản lý công nợ hiệu quả giúp doanh nghiệp duy trì dòng tiền ổn định, giảm áp lực tài chính và tạo sự chủ động trong hoạt động vận chuyển – kho bãi – giao nhận. Dưới đây là các nhóm công nợ quan trọng nhất doanh nghiệp logistics phải theo dõi.
Công nợ hãng tàu – đại lý vận tải
Đối với doanh nghiệp logistics quốc tế, công nợ hãng tàu – đại lý vận tải chiếm tỷ trọng lớn nhất. Bao gồm: cước vận chuyển quốc tế, phí local charges, phí lưu container (DEM/DET), phí vệ sinh container và hàng loạt khoản phí phát sinh khác.
Nếu không đối chiếu kịp thời, doanh nghiệp có thể:
– Bị hãng tàu tạm ngưng cấp booking
– Trả thiếu/nhầm phí, dẫn tới tranh chấp
– Không khớp công nợ khi thanh toán bằng ngoại tệ
– Khó kiểm soát cước đầu vào khi báo giá cho khách hàng
Doanh nghiệp cần lập bảng đối chiếu công nợ hàng tuần, so khớp theo từng mã booking, số vận đơn (BL) và từng lô hàng để tránh rủi ro tài chính.
Công nợ khách hàng – theo dõi cước thu
Với doanh nghiệp logistics nội địa hoặc quốc tế, công nợ khách hàng là nguồn thu chính. Các khoản phải thu bao gồm cước vận tải, phí giao nhận, phí kho bãi và dịch vụ logistics tổng hợp. Doanh nghiệp cần kiểm soát:
– Thời hạn thanh toán theo hợp đồng hoặc từng lô hàng
– Cước thu nội địa và quốc tế
– Công nợ theo từng khách hàng – từng booking – từng tuyến vận tải
– Hóa đơn xuất theo đúng thời điểm giao hàng
Nếu không theo dõi sát, doanh nghiệp có thể bị chiếm dụng vốn, thất thoát doanh thu hoặc khó thu hồi công nợ khi khách hàng chậm thanh toán. Bộ phận kế toán – công nợ cần cập nhật dữ liệu hằng ngày để đảm bảo dòng tiền ổn định.
Kiểm soát công nợ quốc tế và ngoại tệ
Hoạt động logistics quốc tế thường phát sinh công nợ ngoại tệ (USD, EUR…), bao gồm thanh toán cho hãng tàu, đại lý nước ngoài, cước vận chuyển quốc tế và các loại phí liên quan. Doanh nghiệp cần quản lý:
– Tỷ giá thanh toán tại thời điểm phát sinh
– Chênh lệch tỷ giá ghi nhận vào chi phí hoặc doanh thu
– Đối chiếu công nợ theo từng đối tác – từng quốc gia
– Kiểm soát nghĩa vụ thuế nhà thầu (FCT) khi thanh toán quốc tế
Quản lý công nợ ngoại tệ không chính xác có thể dẫn đến sai lệch báo cáo tài chính, ảnh hưởng lớn đến lợi nhuận và nghĩa vụ thuế.
Thời điểm ghi nhận doanh thu – chi phí
Trong doanh nghiệp logistics, đặc biệt là các đơn vị vận tải – giao nhận – kho bãi, việc ghi nhận doanh thu và chi phí đúng thời điểm là yếu tố quan trọng để khớp đúng báo cáo thuế, tránh bị truy thu hoặc điều chỉnh trong kỳ quyết toán. Sau khi thành lập công ty logistics tại TPHCM, doanh nghiệp phải xây dựng quy trình chuẩn để xác định thời điểm hoàn thành dịch vụ, thời điểm lập hóa đơn và thời điểm ghi nhận chi phí thực tế theo từng chuyến hàng.
Doanh thu logistics thường được chia thành ba nhóm: doanh thu dịch vụ vận tải, doanh thu kho bãi – lưu hàng, và các khoản thu khác như phụ phí, phí nâng hạ, phí điều xe. Chi phí logistics cũng đa dạng: xăng dầu, lộ trình, phí cầu đường, phí lưu bãi, chi phí lao động, khấu hao xe… Doanh nghiệp phải ghi nhận theo nguyên tắc dồn tích để đảm bảo tính minh bạch.
Doanh thu dịch vụ vận tải
Doanh thu dịch vụ vận tải được ghi nhận khi dịch vụ vận chuyển hoàn thành hoặc khi hàng hóa đã được bàn giao cho khách hàng, thể hiện bằng chứng từ:
– Phiếu giao nhận hàng (POD)
– Bảng xác nhận chuyến
– Thông tin hành trình từ thiết bị giám sát
– Hợp đồng hoặc mail xác nhận hoàn thành dịch vụ
Sau khi hoàn thành dịch vụ, doanh nghiệp phải lập hóa đơn điện tử đúng thời điểm. Nếu lập hóa đơn trễ so với ngày giao hàng, doanh nghiệp có thể bị phạt về xuất hóa đơn sai thời điểm. Doanh thu vận tải cũng phải khớp với bảng kê chuyến và đối chiếu với dữ liệu GPS.
Doanh thu kho bãi – lưu hàng
Đối với dịch vụ kho bãi, doanh thu được ghi nhận theo số ngày lưu kho thực tế, tính từ thời điểm nhập hàng cho đến khi xuất hàng. Các chứng từ xác định doanh thu gồm:
– Phiếu nhập kho
– Phiếu xuất kho
– Bảng kê ngày lưu kho
– Biên bản đối chiếu với khách hàng
Nếu dịch vụ liên quan đến container, doanh nghiệp phải đối chiếu thêm các khoản phí DEM – DET – Storage.
Doanh thu kho bãi chỉ được ghi nhận khi doanh nghiệp đã cung cấp dịch vụ lưu trữ, phân loại, bảo quản hoặc nâng hạ theo thỏa thuận với khách hàng.
Chi phí phát sinh theo từng chuyến hàng
Chi phí logistics phát sinh theo từng chuyến hàng bao gồm:
– Xăng dầu – định mức nhiên liệu
– Phí cầu đường – BOT – cao tốc
– Phí lưu bãi – nâng hạ – CFS
– Chi phí điều xe và nhân công
– Khấu hao xe/tải trọng
Chi phí được ghi nhận khi có chứng từ hợp lệ: hóa đơn xăng dầu khớp biển số, chứng từ kho bãi, biên lai phí đường bộ, bảng kê chuyến đi.
Ghi nhận chi phí đúng thời điểm giúp doanh nghiệp tránh bị loại chi phí khi quyết toán thuế, đồng thời phản ánh đúng lợi nhuận theo từng chuyến vận tải.
Rủi ro thuế thường gặp trong doanh nghiệp logistics
Ngành logistics có đặc thù đa dạng dịch vụ, chứng từ phức tạp, giao dịch quốc tế nhiều và thường xuyên phát sinh chi phí cước vận tải, kho bãi, phí hãng tàu, phí cầu đường, xăng dầu… Chính vì vậy, doanh nghiệp logistics là nhóm ngành dễ bị thanh tra thuế và thường đối mặt với các rủi ro kê khai – hạch toán nếu không kiểm soát chứng từ chặt chẽ. Dưới đây là ba rủi ro thuế điển hình mà hầu hết doanh nghiệp logistics đều gặp phải.
Sai sót hóa đơn dịch vụ quốc tế
Một trong những rủi ro lớn nhất của doanh nghiệp logistics là sai sót hóa đơn dịch vụ quốc tế. Các khoản phí như cước vận tải quốc tế, local charges, phí chứng từ (DOC), phí vệ sinh container, phí AMS, ISF… thường được hãng tàu hoặc đại lý nước ngoài thu bằng ngoại tệ, không phát hành hóa đơn GTGT truyền thống.
Doanh nghiệp dễ mắc lỗi:
– Không đủ chứng từ chứng minh dịch vụ xuất khẩu → mất điều kiện áp thuế suất 0%
– Không kê khai thuế nhà thầu (FCT) đúng thời điểm
– Thiếu hợp đồng hoặc chứng từ thanh toán quốc tế
– Nhầm bản chất phí thu hộ – chi hộ, dẫn đến kê khai sai GTGT
Nếu hồ sơ không đầy đủ, doanh nghiệp có thể bị truy thu và phạt chậm nộp khi bị kiểm tra thuế.
Không đối chiếu công nợ hãng tàu – đối tác
Nhiều doanh nghiệp logistics không đối chiếu công nợ hãng tàu – đại lý nước ngoài theo từng lô hàng, dẫn đến sai lệch số liệu giữa báo cáo kế toán và thực tế phát sinh. Các lỗi phổ biến gồm:
– Ghi nhận thiếu/nhầm phí DEM – DET – Local charges
– Không cập nhật chênh lệch tỷ giá khi thanh toán
– Công nợ thanh toán trễ khiến phát sinh phí phạt
– Ghi nhận sai chi phí đầu vào khi chưa có đầy đủ chứng từ
Việc không đối chiếu công nợ định kỳ khiến doanh nghiệp dễ bị truy thu thuế TNDN do chi phí bị loại, đồng thời ảnh hưởng lớn đến dòng tiền và khả năng duy trì booking với hãng tàu.
Hạch toán sai tỷ giá, sai doanh thu
Đối với doanh nghiệp có giao dịch quốc tế, hạch toán sai tỷ giá là lỗi thường gặp. Doanh nghiệp có thể mắc phải:
– Ghi nhận doanh thu theo tỷ giá thanh toán thay vì tỷ giá ghi sổ
– Không phản ánh đúng chênh lệch tỷ giá phát sinh
– Ghi sai doanh thu khi dịch vụ kết thúc nhưng chưa xuất hóa đơn
– Hạch toán thiếu doanh thu của các lô hàng đã giao
Sai tỷ giá hoặc sai doanh thu không chỉ làm lệch báo cáo tài chính mà còn dẫn đến rủi ro truy thu thuế GTGT và TNDN khi cơ quan thuế kiểm tra.
Lợi ích sử dụng dịch vụ kế toán chuyên ngành logistics
Doanh nghiệp logistics thường phát sinh lượng chứng từ lớn và phức tạp: hóa đơn vận tải, phụ phí hãng tàu, phí kho bãi, phí xăng dầu, phí cầu đường, phí hải quan, phí lưu container… Đây là lý do nhiều doanh nghiệp gặp rủi ro khi tự làm sổ sách hoặc thuê kế toán không am hiểu đặc thù ngành. Việc sử dụng dịch vụ kế toán chuyên ngành logistics giúp doanh nghiệp kiểm soát thuế chặt chẽ, tối ưu chi phí hợp lệ và đảm bảo tuân thủ quy định pháp luật.
Đơn vị chuyên nghiệp nắm rõ nghiệp vụ vận tải – kho bãi – forwarding quốc tế, có khả năng xử lý chứng từ đa tầng (POD, lộ trình, phụ phí, hợp đồng, bảng kê quốc tế) và hạch toán doanh thu – chi phí theo từng chuyến, từng container hoặc từng hợp đồng. Đây là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp tránh sai sót khi thanh tra thuế.
Giảm rủi ro thuế – đảm bảo đúng chuẩn
Kế toán logistics có yêu cầu cao hơn ngành khác vì chi phí đa dạng và dễ bị xuất toán nếu thiếu chứng từ. Dịch vụ kế toán chuyên ngành hỗ trợ:
– Kiểm tra tính hợp lệ hóa đơn vận tải, kho bãi, xăng dầu;
– Đối chiếu chứng từ POD – lộ trình – hợp đồng;
– Phân loại chi phí được trừ – không được trừ theo Luật Thuế TNDN;
– Kê khai VAT đúng thuế suất 0% – 8% – 10% của từng dịch vụ.
Nhờ đó, doanh nghiệp giảm rủi ro truy thu thuế, hạn chế bị phạt chậm nộp và tránh sai sót khi cơ quan thuế kiểm tra.
Tối ưu hóa chi phí và dòng tiền
Kế toán chuyên ngành logistics giúp doanh nghiệp theo dõi chi phí theo từng hợp đồng, từng container hoặc từng tuyến vận tải. Điều này hỗ trợ doanh nghiệp:
– Kiểm soát chính xác chi phí nhiên liệu, kho bãi, phụ phí;
– Xác định lợi nhuận từng chuyến;
– Tối ưu hóa thuế GTGT đầu vào – đầu ra;
– Lập kế hoạch dòng tiền theo chu kỳ vận tải – giao nhận.
Khi dòng tiền được quản lý khoa học, doanh nghiệp hạn chế tình trạng âm cash-flow và có cơ sở ra quyết định mở rộng đội xe, kho hoặc hợp đồng logistics mới.
Đại diện làm việc với cơ quan thuế
Khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình, doanh nghiệp logistics thường lúng túng vì lượng chứng từ quá nhiều. Dịch vụ kế toán chuyên ngành sẽ:
– Chuẩn bị hồ sơ giải trình chi tiết;
– Làm việc trực tiếp với cơ quan thuế;
– Giải thích chi phí vận tải – phụ phí – kho bãi một cách chính xác;
– Bảo vệ chi phí hợp lệ, hạn chế truy thu.
Điều này giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, giảm rủi ro và đảm bảo hoạt động kinh doanh không bị gián đoạn.
FAQ – Câu hỏi thường gặp
Doanh nghiệp logistics cần kê khai thuế gì hàng tháng?
Doanh nghiệp logistics phải kê khai: thuế GTGT, thuế TNDN tạm tính (nếu kê khai theo tháng), thuế nhà thầu (nếu có giao dịch quốc tế), báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn và báo cáo lao động – BHXH (nếu có nhân sự). Các doanh nghiệp phát sinh nhiều hóa đơn vận tải – kho bãi thường chọn kê khai theo tháng để đối soát số liệu kịp thời.
Có cần chứng từ quốc tế để khấu trừ thuế GTGT không?
Có. Với dịch vụ quốc tế và dịch vụ xuất khẩu, doanh nghiệp muốn áp dụng thuế suất 0% phải có: hợp đồng quốc tế, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, chứng từ xác nhận dịch vụ đã hoàn thành và các chứng từ liên quan đến vận đơn – giao nhận. Thiếu một trong các chứng từ này có thể khiến doanh nghiệp không được áp dụng thuế suất 0%.
Thuế nhà thầu áp dụng khi nào?
Thuế nhà thầu áp dụng khi doanh nghiệp thanh toán phí dịch vụ cho đối tác nước ngoài như: hãng tàu quốc tế, airlines, đại lý nước ngoài, dịch vụ tracking hoặc phần mềm logistics. Khi đó, doanh nghiệp phải khấu trừ và nộp thay thuế nhà thầu theo tỷ lệ quy định.
Rủi ro nào thường gặp khi bị kiểm tra thuế logistics?
Rủi ro phổ biến gồm: chi phí vận tải bị loại vì thiếu POD hoặc bảng kê; hóa đơn xăng dầu – cầu đường không hợp lệ; chi phí forwarding bị xem là không liên quan; không chứng minh được chi phí kho bãi; áp sai thuế suất 0% – 8% – 10%; chênh lệch doanh thu – chi phí theo hợp đồng. Do đó, doanh nghiệp cần lưu trữ chứng từ đầy đủ và đối soát thường xuyên.
Kế toán thuế doanh nghiệp logistics không chỉ là công việc kê khai, nộp thuế đơn thuần mà còn là quá trình quản lý tài chính chặt chẽ, đòi hỏi sự am hiểu đặc thù của ngành. Khi doanh nghiệp thực hiện đúng quy trình, minh bạch chứng từ và tuân thủ quy định pháp luật, các rủi ro khi thanh kiểm tra thuế sẽ được giảm thiểu tối đa. Bên cạnh đó, việc xây dựng hệ thống chứng từ đầy đủ cho vận tải, kho bãi và giao nhận giúp doanh nghiệp vận hành ổn định và kiểm soát tốt chi phí. Năm 2025, các quy định thuế liên quan đến logistics thay đổi theo hướng chặt chẽ hơn, yêu cầu doanh nghiệp cập nhật liên tục. Việc sử dụng dịch vụ kế toán chuyên ngành là giải pháp hiệu quả cho những doanh nghiệp không có bộ phận chuyên trách. Chuẩn hóa ngay từ đầu chính là nền tảng giúp doanh nghiệp logistics phát triển bền vững.
