Hoàn thuế nhập khẩu là gì? Điều kiện và thủ tục mới nhất 2025

Hoàn thuế nhập khẩu là gì? Điều kiện và thủ tục mới nhất luôn là câu hỏi khiến nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp mới tham gia hoạt động xuất nhập khẩu, gặp không ít lúng túng. Trong thực tế, có rất nhiều trường hợp hàng hóa đã nộp thuế nhập khẩu nhưng sau đó không được tiêu thụ trong nước – như hàng bị trả lại, tái xuất, hoặc dùng để sản xuất hàng xuất khẩu – vẫn được phép hoàn lại khoản thuế đã nộp. Tuy nhiên, để được hoàn thuế, doanh nghiệp cần đáp ứng nhiều điều kiện khắt khe về hồ sơ, chứng từ, thời gian nộp và lý do hoàn thuế.

Theo quy định mới nhất được cập nhật đến năm 2025, các bước thủ tục hoàn thuế đã được số hóa và đơn giản hóa phần nào, nhưng vẫn đòi hỏi kế toán doanh nghiệp hoặc đơn vị làm thủ tục hải quan phải nắm chắc quy trình để tránh sai sót. Bài viết này sẽ giúp bạn hiểu rõ khái niệm hoàn thuế hàng nhập khẩu, liệt kê các điều kiện cụ thể, và hướng dẫn chi tiết quy trình hoàn thuế từ A–Z để tối ưu dòng tiền và đảm bảo tuân thủ pháp luật.

Khái niệm hoàn thuế nhập khẩu và đối tượng áp dụng

Hoàn thuế nhập khẩu là gì theo quy định hiện hành?

Hoàn thuế nhập khẩu là việc cơ quan hải quan hoàn trả lại một phần hoặc toàn bộ số tiền thuế nhập khẩu mà doanh nghiệp hoặc cá nhân đã nộp, trong trường hợp hàng hóa không được tiêu thụ tại thị trường nội địa hoặc phù hợp với chính sách hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Theo Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 và hướng dẫn tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, sửa đổi bổ sung tại Nghị định 18/2021/NĐ-CP, việc hoàn thuế nhập khẩu áp dụng trong các trường hợp như: hàng hóa nhập về nhưng tái xuất, hàng bị trả lại, hàng nhập khẩu để sản xuất rồi xuất khẩu ra nước ngoài.

Quy định mới nhất nêu rõ: chỉ hoàn thuế khi doanh nghiệp cung cấp đầy đủ hồ sơ chứng minh mục đích không tiêu dùng trong nước, và đáp ứng điều kiện về thời gian, hợp đồng, tờ khai, chứng từ thanh toán.

Việc hoàn thuế không chỉ giúp giảm áp lực chi phí mà còn là một phần quan trọng trong quy trình quản trị tài chính của các doanh nghiệp xuất nhập khẩu.

Những ai được hoàn thuế nhập khẩu?

Theo quy định hiện hành, đối tượng được hoàn thuế hàng nhập khẩu bao gồm:

1. Doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa nhưng sau đó không tiêu thụ trong nước: tái xuất, xuất khẩu sau gia công, bị trả lại từ người mua.
2. Tổ chức nhập hàng để phục vụ dự án viện trợ, nhân đạo, phi lợi nhuận: thuộc danh mục miễn thuế, nếu nộp nhầm thì được hoàn.
3. Doanh nghiệp chế xuất, gia công xuất khẩu: Nhập nguyên liệu, linh kiện từ nước ngoài, sau đó xuất thành phẩm thì được hoàn phần thuế nhập khẩu nguyên liệu.
4. Cơ quan nhà nước, tổ chức sự nghiệp: nếu nhập hàng hóa chuyên ngành phục vụ nghiên cứu, giáo dục, y tế… theo đúng danh mục quy định.

Điều kiện quan trọng là hàng hóa phải không tiêu thụ nội địa và được chứng minh bằng chứng từ hợp lệ: tờ khai hải quan, hóa đơn đầu vào – đầu ra, hợp đồng thương mại, chứng từ thanh toán, chứng từ xuất khẩu…

Các trường hợp được hoàn thuế nhập khẩu theo luật mới

Hàng hóa nhập khẩu rồi tái xuất, tái nhập

Một trong những trường hợp phổ biến được hoàn thuế nhập khẩu là hàng hóa sau khi nhập khẩu về nhưng không tiêu thụ trong nước mà được tái xuất trở lại nước ngoài hoặc tái xuất sang bên thứ ba.

Ví dụ điển hình:

Hàng nhập về bị lỗi, không đúng mẫu mã hoặc tiêu chuẩn kỹ thuật, phía đối tác nước ngoài không chấp nhận => doanh nghiệp trả hàng.

Sau khi làm thủ tục tái xuất tại cơ quan hải quan, doanh nghiệp có thể đề nghị hoàn thuế nhập khẩu đã nộp, kèm theo bộ hồ sơ gồm:

• Tờ khai nhập khẩu
• Tờ khai tái xuất
• Biên bản xác nhận hàng lỗi,
• Chứng từ vận chuyển, hóa đơn đầu vào – đầu ra, hợp đồng mua bán, v.v.

Lưu ý: Thời gian tái xuất hàng không quá 365 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai nhập khẩu, trừ trường hợp đặc biệt có văn bản phê duyệt.

Hàng nhập để sản xuất xuất khẩu

Doanh nghiệp nhập nguyên vật liệu, linh kiện, phụ tùng từ nước ngoài để sản xuất hàng hóa phục vụ xuất khẩu thì được hoàn thuế nhập khẩu đối với phần nguyên liệu đó (nếu đã nộp thuế).

Điều kiện:

• Hàng hóa đã thực tế xuất khẩu (có tờ khai xuất khẩu và hóa đơn nước ngoài).
• Đảm bảo hàng xuất có nguồn nguyên liệu từ nhập khẩu, không tiêu thụ nội địa.
• Doanh nghiệp phải lập bảng kê chi tiết sử dụng nguyên vật liệu trong từng lô sản xuất, kèm hồ sơ hoàn thuế theo mẫu 09 theo Thông tư 06/2021/TT-BTC.

Đây là hình thức hoàn thuế phổ biến trong ngành dệt may, da giày, thủy sản, điện tử – nơi có chuỗi cung ứng quốc tế phức tạp.

Hàng hóa không tiêu thụ trong nước – bị trả lại hoặc hư hỏng

Trường hợp hàng nhập khẩu đã nộp thuế nhưng bị hư hỏng do thiên tai, hỏa hoạn, hoặc do lỗi từ nhà sản xuất cũng được đề nghị hoàn thuế.

Ngoài ra, hàng hóa nhập khẩu để tiêu thụ trong nước nhưng bị trả lại bởi người mua do chất lượng không đạt hoặc vi phạm hợp đồng thì doanh nghiệp cũng có thể làm thủ tục hoàn thuế.

Điều kiện cần:

• Có biên bản kiểm định hoặc xác nhận hư hỏng (nếu có).
• Có hợp đồng mua bán, hóa đơn GTGT đầu ra bị hủy, kèm theo xác nhận hoàn trả hàng.
• Làm thủ tục tái xuất hoặc tiêu hủy hàng hư hỏng có xác nhận từ cơ quan có thẩm quyền.

Tất cả trường hợp trên đều yêu cầu nộp hồ sơ hoàn thuế trong vòng 1 năm kể từ ngày tái xuất hoặc hủy hàng.

Điều kiện hoàn thuế nhập khẩu theo quy định 2025

Điều kiện về chứng từ – hóa đơn – hợp đồng

Để được hoàn thuế nhập khẩu, doanh nghiệp phải chứng minh được quyền sở hữu, hợp pháp hóa nguồn gốc hàng hóa và đã thực hiện nghĩa vụ thuế trước đó. Theo Điều 33 – Luật Thuế xuất nhập khẩu và các văn bản hướng dẫn mới cập nhật năm 2025, các chứng từ bắt buộc gồm:

Tờ khai hải quan nhập khẩu đã được thông quan.

1. Hóa đơn thương mại (Invoice) ghi đúng tên hàng, mã HS, số lượng.
2. Hợp đồng mua bán hàng hóa có điều khoản rõ ràng về trách nhiệm, giá trị lô hàng.
3. Biên lai nộp thuế nhập khẩu (trường hợp đã nộp trước đó).
4. Biên bản kiểm tra/biên bản trả lại hàng hóa nếu hàng không được sử dụng và tái xuất.

Mọi chứng từ trên cần trùng khớp thông tin, ghi rõ thời điểm thực hiện giao dịch và phải được doanh nghiệp lưu trữ tối thiểu 5 năm theo quy định.

Điều kiện về thời gian nộp hồ sơ và xuất khẩu

Ngoài hồ sơ đầy đủ, điều kiện về thời gian nộp hồ sơ hoàn thuế cũng rất quan trọng. Doanh nghiệp phải:

Nộp hồ sơ hoàn thuế trong thời hạn 1 năm kể từ ngày thực hiện thủ tục nhập khẩu hoặc từ thời điểm tái xuất, tiêu hủy hàng hóa (nếu có).

Trong trường hợp hàng nhập về để sản xuất – gia công xuất khẩu, doanh nghiệp phải chứng minh hàng đã xuất khẩu thực tế trong thời hạn 275 ngày kể từ ngày thông quan nhập khẩu (theo Thông tư 38/2015/TT-BTC và sửa đổi 39/2018/TT-BTC).

📌 Nếu vượt quá thời hạn này, doanh nghiệp sẽ không đủ điều kiện hoàn thuế, kể cả khi đủ hồ sơ.

Thủ tục hoàn thuế nhập khẩu chi tiết từng bước

Để được hoàn lại khoản thuế đã nộp, doanh nghiệp cần thực hiện đầy đủ quy trình theo đúng hướng dẫn từ Tổng cục Hải quan. Dưới đây là các bước cụ thể mà doanh nghiệp cần tuân thủ:

Chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế theo mẫu

Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ theo đúng biểu mẫu do Tổng cục Hải quan ban hành, bao gồm:

1. Công văn đề nghị hoàn thuế nhập khẩu (ghi rõ lý do, mã số doanh nghiệp, thông tin lô hàng, số tờ khai).
2. Bản sao tờ khai hải quan nhập khẩu và tờ khai tái xuất (nếu có).
3. Hợp đồng mua bán, hóa đơn thương mại, vận đơn (Bill of Lading).
4. Biên bản kiểm tra, biên bản hủy hàng hoặc biên bản tái xuất (nếu liên quan).
5. Biên lai nộp thuế gốc.
6. Danh sách hàng hóa – bảng kê chi tiết từng mặt hàng.

📌 Tất cả giấy tờ phải có chữ ký và dấu đỏ của người đại diện pháp luật.

Tham khảo thêm: Mẫu hồ sơ xin hoàn thuế nhập khẩu cập nhật mới nhất

Lưu ý quan trọng khi chuẩn bị hồ sơ:

• Hồ sơ phải được lập đúng biểu mẫu ban hành theo Thông tư số XX/202X/TT-BTC (nếu có thể dẫn cụ thể).
• Với tờ khai điện tử, cần in bản scan có mã QR hoặc xác thực hệ thống VNACCS kèm theo.
• Nếu hàng hóa bị tái xuất, biên bản phải có xác nhận của Hải quan nơi giám sát.

Nơi nộp hồ sơ và hình thức xử lý

Doanh nghiệp có thể nộp hồ sơ hoàn thuế tại một trong hai hình thức:

Trực tiếp tại Chi cục Hải quan nơi mở tờ khai:

Đến nộp hồ sơ giấy, nhận phiếu tiếp nhận và hẹn ngày trả kết quả.

Nộp online qua hệ thống VNACCS/VCIS:

Đăng nhập bằng tài khoản doanh nghiệp, nộp hồ sơ dạng PDF kèm mã số tờ khai.

Sau khi duyệt thành công, cơ quan hải quan sẽ gửi thông báo kết quả hoàn thuế điện tử.

Thời hạn giải quyết hoàn thuế

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế hiện hành:

• Thời gian xử lý hồ sơ hoàn thuế là 06 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ hợp lệ.
• Nếu hồ sơ cần xác minh thêm, thời gian có thể kéo dài tối đa 40 ngày, có văn bản thông báo rõ lý do.
• Sau khi hồ sơ được duyệt, tiền hoàn thuế sẽ được chuyển khoản vào tài khoản ngân hàng đã đăng ký của doanh nghiệp.

📌 Lưu ý: Nếu doanh nghiệp không cung cấp tài khoản đúng, hoặc có sai sót trong thông tin ngân hàng, sẽ bị trả chậm hoàn thuế.

🔸 Mẹo: Để tránh bị kéo dài thời gian xử lý, doanh nghiệp nên rà soát kỹ hồ sơ trước khi nộp, đặc biệt là:

• Thông tin số tài khoản ngân hàng (phải đúng tên pháp nhân).
• Các biên lai nộp thuế không bị mất, mờ hoặc thiếu dấu xác nhận.
• Đảm bảo tất cả bản sao có dấu đỏ đầy đủ từ người đại diện theo pháp luật.

Cách tra cứu kết quả hoàn thuế nhập khẩu

Tra cứu trên hệ thống VNACCS/VCIS

Doanh nghiệp có thể tra cứu hoàn thuế nhanh chóng thông qua hệ thống VNACCS/VCIS – cổng thông tin điện tử của Tổng cục Hải quan. Sau khi nộp hồ sơ hoàn thuế, bạn chỉ cần:

• Đăng nhập tài khoản doanh nghiệp tại https://www.customs.gov.vn
• Chọn mục “Tra cứu hồ sơ hoàn thuế”
• Nhập mã số tờ khai hoặc mã số doanh nghiệp để theo dõi trạng thái xử lý.

Hệ thống sẽ hiển thị tiến trình xử lý: đã tiếp nhận, đang xử lý, đã phê duyệt, hoặc bị từ chối với lý do cụ thể.

Kiểm tra qua email, tin nhắn hoặc văn bản thông báo

Ngoài VNACCS/VCIS, doanh nghiệp sẽ nhận được kết quả qua:

• Email đã đăng ký trong hệ thống hải quan
• Tin nhắn SMS (nếu có đăng ký dịch vụ thông báo)
• Văn bản thông báo trực tiếp từ Chi cục Hải quan nếu nộp hồ sơ giấy

Nhờ vậy, bạn có thể chủ động trong việc cập nhật tình trạng hoàn thuế mà không phải đến cơ quan chức năng.

Trường hợp kết quả bị từ chối và cách xử lý

Nếu hồ sơ bị từ chối, hệ thống hoặc cán bộ Hải quan sẽ nêu rõ lý do. Doanh nghiệp cần:

• Đối chiếu lại toàn bộ hồ sơ đã nộp
• Bổ sung, chỉnh sửa theo đúng yêu cầu
• Gửi lại hồ sơ trong thời gian sớm nhất để không bị chậm hoàn thuế

Việc tra cứu hoàn thuế đúng cách giúp tiết kiệm thời gian, chủ động kế hoạch tài chính và tránh sai sót không đáng có.

Những lỗi thường gặp khi xin hoàn thuế nhập khẩu

Sai thông tin tài khoản ngân hàng

Một trong những lỗi phổ biến khiến doanh nghiệp bị trả chậm tiền hoàn thuế là cung cấp sai hoặc thiếu thông tin tài khoản ngân hàng. Các lỗi thường gặp:

• Sai tên tài khoản (không trùng tên pháp nhân doanh nghiệp)
• Số tài khoản cũ đã ngừng hoạt động
• Thiếu thông tin chi nhánh ngân hàng

Để tránh rủi ro, nên kiểm tra kỹ thông tin trước khi nộp hồ sơ và đảm bảo tài khoản còn hoạt động bình thường.

Nộp thiếu chứng từ, bản gốc không dấu đỏ

Việc thiếu giấy tờ hoặc sử dụng bản sao không công chứng, không có dấu đỏ là lý do phổ biến khiến hồ sơ bị bác bỏ. Những chứng từ dễ bị thiếu:

• Biên bản tái xuất
• Biên lai nộp thuế gốc
• Bảng kê chi tiết hàng hóa

Khi nộp hồ sơ trực tiếp, cần kèm theo cả bản sao và bản gốc để đối chiếu. Nếu nộp online, file PDF cần scan rõ nét, có dấu xác thực.

Nộp hồ sơ trễ thời hạn quy định

Theo luật, hồ sơ hoàn thuế chỉ được tiếp nhận trong thời hạn 1 năm kể từ ngày nộp thuế. Nhiều doanh nghiệp không nắm rõ thời gian, dẫn đến việc quá hạn và không còn đủ điều kiện hoàn thuế.

Giải pháp:

• Lập kế hoạch nộp hồ sơ ngay sau khi có đủ chứng từ
• Theo dõi lịch trình xử lý hàng hóa và xuất khẩu để kịp thời làm thủ tục hoàn thuế

Kết luận: Việc nhận diện và tránh những lỗi phổ biến này sẽ giúp doanh nghiệp được hoàn thuế nhanh, chính xác, đồng thời tránh lãng phí thời gian, chi phí sửa hồ sơ.

Lưu ý quan trọng khi xin hoàn thuế nhập khẩu

Những lỗi khiến hồ sơ bị trả lại

Trong quá trình làm thủ tục hoàn thuế nhập khẩu, nhiều doanh nghiệp gặp phải các sai sót thường gặp khiến hồ sơ bị trả lại hoặc từ chối hoàn. Dưới đây là những lỗi phổ biến bạn cần tránh:

Sai thông tin trên tờ khai hải quan: Khai sai mã HS code, trị giá tính thuế hoặc mô tả hàng hóa không khớp với chứng từ gốc.

Thiếu hoặc không khớp chứng từ: Chứng từ thanh toán, hóa đơn thương mại, vận đơn không khớp về số liệu, tên hàng hoặc ngày tháng.

Không nộp đúng thời hạn quy định: Theo quy định, doanh nghiệp phải nộp hồ sơ hoàn thuế trong thời gian nhất định (thường là 1 năm kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế). Quá thời hạn này, hồ sơ có thể bị từ chối.

Không bổ sung kịp thời khi cơ quan hải quan yêu cầu: Nhiều doanh nghiệp bị từ chối do không phản hồi bổ sung hồ sơ đúng thời gian quy định.

Cách kiểm tra tình trạng xử lý hồ sơ hoàn thuế

Để kiểm tra tình trạng xử lý hồ sơ hoàn thuế nhập khẩu, bạn có thể thực hiện theo hai cách:

Trực tiếp tại cơ quan hải quan: Doanh nghiệp liên hệ bộ phận hoàn thuế tại chi cục hải quan nơi nộp hồ sơ để được cập nhật tiến độ xử lý.

Tra cứu online trên hệ thống VNACCS/VCIS hoặc Cổng thông tin Tổng cục Hải quan: Chỉ cần nhập mã hồ sơ, bạn sẽ biết trạng thái đang xử lý, đã duyệt hay bị yêu cầu bổ sung.

Việc chủ động tra cứu tình trạng hồ sơ giúp doanh nghiệp xử lý kịp thời nếu có vướng mắc, từ đó tránh bị kéo dài thời gian nhận tiền hoàn thuế.

Dịch vụ hỗ trợ hoàn thuế nhập khẩu tại Cần Thơ và toàn quốc

🕒 Khi nào nên sử dụng dịch vụ hoàn thuế trọn gói?

Việc sử dụng dịch vụ hoàn thuế nhập khẩu trọn gói là lựa chọn đúng đắn trong các trường hợp:

• Doanh nghiệp chưa có kinh nghiệm làm hồ sơ hoàn thuế, dễ thiếu sót chứng từ, dẫn đến bị từ chối.
• Cần xử lý hồ sơ khẩn cấp, nhưng đội ngũ nội bộ chưa đủ am hiểu quy trình, luật định và biểu mẫu cụ thể.
• Hồ sơ phức tạp, có yếu tố đặc thù như:
  • Hoàn thuế nguyên liệu gia công
  • Hoàn thuế hàng nhập khẩu rồi tái xuất
  • Miễn thuế theo các hiệp định thương mại tự do (FTA)

Dịch vụ chuyên nghiệp sẽ giúp doanh nghiệp:

• Tiết kiệm thời gian và công sức
• Tối ưu số tiền được hoàn
• Hạn chế rủi ro sai sót trong quy trình làm việc với cơ quan hải quan – thuế

Tiêu chí lựa chọn đơn vị uy tín hỗ trợ hồ sơ hoàn thuế

Để chọn được đơn vị tư vấn hải quan uy tín, bạn nên cân nhắc các yếu tố sau:

• Có kinh nghiệm xử lý nhiều bộ hồ sơ hoàn thuế nhập khẩu thành công cho các doanh nghiệp ở nhiều lĩnh vực.
• Có đội ngũ am hiểu luật thuế, hải quan và cập nhật chính sách mới thường xuyên.
• Hỗ trợ tư vấn miễn phí ban đầu và cam kết rõ ràng về tiến độ, chi phí.
• Có dịch vụ hỗ trợ toàn quốc, không chỉ tại Cần Thơ mà cả ở TP.HCM, Hà Nội, Bình Dương, Đà Nẵng…

Việc lựa chọn đúng đơn vị hỗ trợ sẽ giúp doanh nghiệp không những nhận được hoàn thuế nhanh chóng, mà còn an tâm tuyệt đối trong khâu pháp lý và kiểm toán sau này.

Giải đáp câu hỏi thường gặp về hoàn thuế nhập khẩu

Hoàn thuế nhập khẩu là gì? Điều kiện và thủ tục mới nhất không chỉ là một phần trong chính sách thuế mà còn là “đòn bẩy tài chính” quan trọng giúp doanh nghiệp xuất nhập khẩu giảm thiểu chi phí đầu vào và xoay vòng vốn hiệu quả. Tuy nhiên, để được hoàn thuế đúng hạn và trọn vẹn, doanh nghiệp cần nắm chắc đối tượng áp dụng, các trường hợp được hoàn, và quy định về thời hạn – chứng từ theo luật thuế xuất nhập khẩu hiện hành.

Việc chủ động chuẩn bị hồ sơ minh bạch, hiểu rõ quy trình và liên hệ đúng cơ quan chức năng sẽ giúp doanh nghiệp rút ngắn thời gian xử lý, tránh bị từ chối hoàn thuế vì lý do không đáng có. Nếu chưa nắm vững quy định hoặc thiếu nhân sự chuyên môn, doanh nghiệp có thể cân nhắc sử dụng dịch vụ hoàn thuế nhập khẩu uy tín để đảm bảo quyền lợi. Hãy xem việc hiểu đúng về hoàn thuế nhập khẩu là gì không chỉ là nghĩa vụ thuế, mà còn là cơ hội để gia tăng lợi thế cạnh tranh trên thị trường.